[生物学]生物信息学Chapter07.pptVIP

第七章 蛋白质组分析—引言;仅仅依靠DNA序列信息有时很难确定;mRNA水平的测量并不能完全揭示细胞的调节，而蛋白质的样品较mRNA稳定 蛋白质和mRNA之间的相关系数仅为0.4~0.5，还存在转录后的加工、翻译调节及翻译后加工等问题 因此要了解不同生命活动的分子基础，仅靠测定基因组全序列是不够的，还必须开展大规模、全方位的蛋白质研究;1995年，Smith和Williams对生殖道支原体进行了蛋白质成分的大规模分离和鉴定，开创了蛋白质组学 目前，蛋白质组的研究对象已扩展到酵母、多细胞真核生物以及人体正常组织及病理标本等;蛋白质组作图、蛋白质组成分鉴定、蛋白质组数据库构建、新型蛋白质发掘、蛋白质差异显示、同工型比较 功能基因组计划、基因产物识别、基因功能鉴定、基因调空机制分析 重要生命活动的分子机制，包括细胞周期、细胞分化与发育、肿瘤发生与发展、环境反应与调节、物种进化等;医学靶分子寻找与分析，包括新型药物靶分子、肿瘤恶性特异标志、人体病理介导分子和病原菌毒性分子等 疾病诊断，主要是试验新型药物的功效和效力等;蛋白质表达分布图数据库 蛋白质图谱自动识别软件包 其他常用的方法;7.2 蛋白质组分析技术;样品的制备 图象分析 蛋白质成分的分析与鉴定;双向凝胶电泳 （2—dimensional gel electrophoresis） 蛋白质鉴定方法;双向凝胶电泳技术是O’Farrell（1975）首先建立的 O’Farrell成功地分离了约1000个E. coli蛋白，并证明蛋白质谱不是稳定的，而是随着环境变化的 双向凝胶电泳技术已得到广泛地的应用，它是大规模蛋白质鉴定、提高组分辨率以研究蛋白表达差异的一种有效方法 目前该技术能分离出10000个蛋白;第一向进行等电聚焦(IEF)，蛋白质沿pH梯度分离，至各自的等电点(PI) 随后，再沿另一向进行分子量的分离;双向聚丙烯酰胺凝胶图;图象分析 微量测序（microsequencing） 质谱技术 肽质指纹 氨基酸组分分析;分析双向凝胶电泳图谱的工作必须利用计算机图象分析技术 图象采集一般用电荷耦合器件（CCD）相机、激光密度仪和荧光或磷光成像仪 统计方法使用聚类分析、等级分类和主成分分析等 常用的软件包括Quest、Lips、Hemes和Gemini等;经凝胶分离的蛋白质先印迹在PVDF膜或玻璃纤维上 染色、切割 置于测序仪中进行序列测定;质谱（ Mass Spectrometry）是带电原子、分子或分子碎片按质荷比（或质量）的大小顺序排列的图谱。 生物质谱根据质量数和所载电荷数不同的多肽片断在磁场中产生不同轨道而以质荷比（m/z）方式来分离它们 80年代末，随着两种崭新的尤其适合蛋白质研究的软电离方式ESI（电喷雾电离）和MALDI（基质辅助激光解吸附电离）的出现，质谱成为现代蛋白质科学中最重要和不可缺少的组成部分。;应用多肽图谱信息和质谱鉴定蛋白质的原理;;肽质指纹术(peptide mass fingerprint, PMF)是由Henzel等人于1993年提出. 用酶(最常用的是胰酶)对由2-DE分离的蛋白在胶上或在膜上于精氨酸或赖氨酸的C-末端处进行断裂，断裂所产生的精确的分子量通过质谱来测量(MALDI-TOF-MS，或为ESI-MS) 所有的肽质量最后与数据库中理论肽质量相配比，按照数据库中肽片段与未知蛋白共有的肽片段数目作一排行榜 “冠军”肽片段可能代表一个未知蛋白，若冠亚军之间的肽片段存在较大差异，且这个蛋白可与实验所示的肽片段覆盖良好，则说明正确鉴定的可能性较大.;1977年首次作为鉴定蛋白质的一种工具，是一种独特的“脚印”技术 通过放射标记的氨基酸来测定蛋白质的组分，或者将蛋白质印迹到PVDF膜上，在155℃进行酸性水解1 h 每一样品的氨基酸在40min内自动衍生并由色谱分离，常规分析为100个蛋白质/周 依据代表两组分间数目差异的分数，对数据库中的蛋白质进行排榜，挑选出最可能的蛋白质 用于氨基酸组分分析软件有AACompIdent，ASA，FINDER，AAC-PI，PROP-SEARCH等;HTS(High throughput screening)至今在蛋白质组研究中已成为现实. 由于制药工业对此的需求，样品输入自动化得以进展. 机器人可自动处理2-DE后电转至PVDF膜. 原形机器人加工、传输蛋白质至质谱或以液相色谱为基础的分析仪，如进行斑点切割，操纵、控制多种PMF、氨基酸组分分析所需的化学反应，使每天最小的流通量达1000个蛋白.;计算机自动蛋白质鉴定的流程;双向凝胶电泳数据库 质谱信息查询和蛋白质鉴定软件 KEGG及功能重建模式 EcoCyc Bioknowledge Library;SWISS-2DPAGE (/) 中国镜像