[生物学]第二章生物数据库_生物信息学.ppt

检索miRNA群（cluster)（3） 在数据库主页点击“searching” 在miRBase网页的“For clusters”栏目选择物种，输入希望查询的miRNA之间的距离（核苷酸数目），点击“Get clusters” 检索结果目录 批量获取mature miRNA序列：在结果目录网页的“Fetch”列选择miRNA，在该网页的底部选择“Mature sequence”，点击“Fetch Sequences” 2、蛋白质数据库 （1）UniProtKB (UniProt Knowledgebase) 由 EBI (European Bioinformatics Institute)管理的数据库 由两部分组成 有详细注释的序列，数据来源于实验 与40个数据库相互参照（cross-reference） UniProtKB/Swiss-Prot（原Swiss-Prot数据库） UniProtKB/TrEMBL（原TrEMBL数据库） 提交到 EMBL 核苷酸数据库中所有CDS 的氨基酸序列 数据来源于自动翻译（非实验） 检索方法 数据库主页http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 输入关键词，检索EBI的所有数据库（包括UniProtKB） 每一个EBI数据库中满足关键词的数据数量目录 查看某一个数据库中的详细目录 查看详细内容 快速检索（1） 数据库主页http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 点击“text search” 在UniProt Searches/Tools网页点击“Uniprot text query [preferred]” 在新网页的“Query”栏目输入关键词 UniProtKB数据库中相关数据目录 检索UniProtKB（2） 点击“Show only reviewed (UniprotKB/Swiss-Prot)”查看只包括在Swiss-Prot数据库中的数据 （2）PIR (Protein Information Resource) 由National Biomedical Research Foundation 创办 可将蛋白质序列分类 数据库主页点击“TEXT SEARCH” 选择“ProClass数据库”后输入关键词或注册号 在结果网页点击“PIRSF ID”栏目中的相关ID号 查看详细内容 （3）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/ 由日本的 Protein Research Foundation 创办 已发表在杂志上的蛋白质序列 修饰位点、S－S键等 两月更新一次 （4）PDBSTR (Re-Organized Protein Data Bank) http://www.genome.ad.jp 蛋白质序列和二级结构 ? 碳结构 （5）Prosite /prosite 蛋白质家族 结构域 3、结构数据库 （1）PDB (Protein Data Bank) 由 Brookhaven National Laboratories 创办 蛋白质 核酸 其它 64,623 个结构图（2010.4.13） 可通过 BLAST 系统检索（第四章介绍） X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图） 38 2636 2124 59825 Total 14 5 5 139 Other 0 76 17 195 Electron Microscopy Method 7 154 896 7279 NMR Exp. 17 2401 1206 52212 X-ray Other Protein/NA Complex Nucleic Acids Protein Type Molecule Total Yearly PDB Content Growth （2）NDB（Nucleic Acid Database） /NDB/ndb.html 核酸的结构 （3）DNA-Binding Protein Database /NDB/structure-finder/dnabind/index.html DNA 结合蛋白质的 X 射线衍射结构图 （4）SWISS-3D IMAGE http://expasy.hcuge.ch/sw3d/ 蛋白质的平面和立体图 来源于实验结果 理论模型 * * 用于收集、整理、储存、加工、发布和检索数据的系统。 生物类的数据库种类很多 向国际刊物投稿文章首先要将核苷酸序列、蛋白质序列或者其他相关数据（如基因表达数据、生物大分子三维结构等）