Pymol简介及相关操作-abc.PDF

PyMOL 概述及实例简析 张文博 2014-04-29 主要内容 一. PyMOL概述 二. PyMOL功能 三. 应用实例 黄素氧还蛋白家族结构分析 2 一. PyMOL概述 名字来源： “Py‖-python，该软件基于此计算机语言； “Mol‖-molecule，该软件用来显示分子结构。 主要功能： 创作高品质的小分子或是生物大分子（特别 是蛋白质）的三维结构图像。 网站： http://PyMOL/ 3 PyMOL优点 强大的分子可视化软件 高质量科学论文发表图形 动画制作 文档文件和绘画文件并存 鼠标操作与命令行操作 安装插件 PyMOL缺点 缺乏足够的文件资料 没有UNDO功能 4 二. PyMOL功能简介 • 操作视图 • 比对 • 光线追踪 • 探测静电力学 • 晶体对称性 • 测量 • 动画 • 绘制晶体密度图 2HNA 5  操控视图 6  比对  基于蛋白序列 -Actions-align-to molecule PyMOLalign (A and name ca),(B and name ca) PyMOLcealign A, B Align—基于序列比对 Cealign—基于结构比较  基于原子对 -Wizard-Pair Fitting 7  光线追踪 光线追踪能制作出最高质量的分子图像。 PyMOL是第一个拥有高速光线追踪器的全功能 分子图像程序。 8  探测静电力学 利用泊松波尔兹曼方程计算水溶液状态下的静电力学。 -Actions-generate-vaccum electrostatics 9  晶体对称性 读取.pdb文件时，矩阵信息就被输出。 “symexp‖命令： 用于显示原子选择中晶胞的对称相关分子。 10 测量 • 距离 PyMOL distance A,B • 角度 PyMOL angle A, B, C • 二面角 PyMOL Dihedral A,B, C, D 11