【医学课件大全】1型糖尿病候选基因的筛选 (41p).pptVIP

1型糖尿病候选基因的筛选 盛德乔 2008.3.13 1型糖尿病 1型糖尿病 type 1 diabetes (T1D) 胰岛素依赖型糖尿病 自身免疫性疾病：T细胞介导的胰岛b细胞破坏 美国：有超过15万18岁以下的T1D患者，患病率高达(1.7~2.5/1000)，年发病率为(15~17)/10万，每年新诊断病例1.0～1.5万 。 候选基因筛选 复杂的多基因参与－遗传因素和环境因素 已发现与T1D有关的基因座 MHC 基因座 Insulin-dependent-diabetes （Idd）基因座 Microassay 高通量 动物模型 NOD 小鼠(nonobese diabetic，NOD) H-2g7 Haplotype RoadMap of NOD T1D 分析基因表达谱变化 组织特异 胰淋巴结 (PLN) 脾 (SPL) 外周血细胞 (PBC) 时间依赖 10天组 (GROUP A) 4周组 (GROUP B) 8周组 (GROUP C) 12周组 (GROUP D) 16周组 (GROUP E) 20周组 (GROUP F) 动物模型 NOD小鼠 NOD/LtJ (NOD) NOD.B10小鼠 对照 NOD.B10Sn-H2b/J (NOD.B10) MHC来自C57BL/10 (B10) 不患糖尿病 实验设计 分组：六组 10天组 (GROUP A) 4 周组 (GROUP B) 8 周组 (GROUP C) 12周组 (GROUP D) 16周组 (GROUP E) 20周组 (GROUP F) 基因表达分析 取三个不同组织，快速处理做基因表达的mRNA分析，同时测非空腹血糖。 胰淋巴结 (PLN) 脾 (SPL) 外周血细胞 (PBC) 基因表达分析（PLN, SPL, PBC）用41K 小鼠全基因组寡核苷酸芯片 (Agilent公司) 分离纯化RNA,分析纯度 cRNA扩增及荧光标记 Agilent 41K whole mouse genome (60-mer) oligo microarray slide. Hybridization Feature Extraction Agilent Two-Color Microarray-Based Gene Expression Analysis protocol 数据分析 Log Ratio NOD/NOD.B10 基因表达变化 疾病相关基因功能的获得或丢失的原因： 单核苷酸多态性（SNP）或突变 非典型变构体或转录水平调控－假说 （标志？） PLN中“N”型基因？？ PLN中“N”型基因 胰淋巴结是一个很重要的外周免疫器官，胰岛b细胞抗原需要特异的被转运到PLN，然后才被提呈给MHC类分子。 最近的研究还发现，PLN的基质细胞可表达一系列的编码外周组织抗原的基因，并将内源性表达的PTAs提呈给MHC I类分子而诱导耐受。 很多胰外周组织抗原表达变化呈“N” 胰岛素1/2，胰高血糖素，胰腺炎相关蛋白 Deaf1 DEAF1(Deformed epidermal autoregulatory factor-1) 与果蝇的早期胚胎发育密切相关 DNA结合蛋白－转录调控因子 DNA结合结构域（SAND） 蛋白－蛋白相互作用结构域（MYND） SAND结构域 SAND（Sp100, AIRE-1, NUCP41/75, DEAF1）结构域是很多核蛋白中共有的一段约80个氨基酸残基的保守序列 染色质依赖的转录调控作用 很多与多种人类疾病密切相关 蛋白－蛋白相互作用结构域 MYND (Myeloid, Nervy, and DEAF1) 与共阻遏蛋白N-CoR（nuclear receptor co-repressor）相互作用 Co-IP结果显示 可与组蛋白去乙酰化酶1（Histone deacetylase 1, HDAC1）相互作用 ，但这种相互作用与MYND结构域无关，提示DEAF-1中还存在其它的介导蛋白质－蛋白质相互作用的结构域 。 Two different fragments Wild-type (NM_016874) Variant w/ insertion (split the probe) 插入的序列来自7染色体 Can this variant interpret microarray results? qPCR验证 Co-IP结果显示 可与组蛋白去乙酰化酶1（Histone deacetylase 1, HDAC1）相互作用 ，但这种相互作用与MYND结构域无关，提示DEAF-1中还存在其它的介导蛋白质－蛋白质相互作用的结构域 。 下一步研究 Dea