[医药卫生]医学专业 生物信息学第6章.ppt

五、SAGE数据库与分析软件 1. NCBI SAGE数据库 GEO 2. SAGEnet 3. SAGE Genie 4. The Mouse SAGE Site 5. 其他SAGE数据库 （一）SAGE数据库 1. NCBI SAGE数据库：GEO Gene Expression Omnibus，2000，NCBI GEO数据库四个基本实体 GEO简介 GEO数据库查询：在EntreZ中查询 Entrez GEO数据集 ● 查询所有的实验注解 ● /sites/entrez?db=gds Entrez GEO表达谱 ●查询样品和系列纪录 ● /sites/entrez?db=geo ●例：检索词“Type 1 diabetes[GDS Text] AND apolipo protein [Gene Description] NOT Homo sapiens [Organism]”，检索所有在非人类的物种中Ⅰ型糖尿病相关数据集中的载脂蛋白相关的基因资料。 GEO数据库查询: 在GEO主页查询 /geo/ 例：查询GDS325数据集的结果 GDS325数据记录 数据记录的相关信息 Expression Profiles：表达谱数据 Data Analysis Tools：分析工具 Sample subsets：样本子集 表达谱信息 分析 工具 样本 子集 GEO数据分析 Find genes 工具：快速寻找指定基因 Cluster heatmap工具：样本等级聚类图 Query Group A versus B 工具：子集比较查询 Experiment design and Value distribution：数据集的数值分布 GEO BLAST ：使用BLAST搜索感兴趣序列的表达谱数据 Subset effects：子集效应，提供不同子集之间的差异信号 Find genes Cluster heatmap Query Group A versus B Experiment design and Value distribution GEO数据提交与更新 创建GEO账号： ● GEO主页点击“Create a new account” 选择提交方式 ● Direct Deposit/Update：直接提交 ● Web Deposit/Update：Web交互方式提交 准备数据，执行提交 2. SAGEnet SAGEnet是一个关于SAGE技术方法、文档、资讯以及收录SAGE数据的网络资源库 / 主要内容： FINDNGS：SAGE技术介绍 RESOURCES：资料及数据下载 PUBLICATIONS：SAGE出版物 CONFERENCES：相关会议信息 CONTACS US：联系获取SAGE资料 / 3. SAGE Genie数据库 美国癌症基因组分析计划（NCIs Cancer Genome Anatomy Project，CGAP）的一部分 /SAGE 提供了一系列的人类和小鼠的SAGE Genie工具 SAGE Anatomic Viewer SAGE Digital Gene Expression Displayer SAGE Experimental Viewer 4. The MOUSE SAGE Site 小鼠SGAE数据库，由捷克科学院分子遗传研究所构建 http://mouse.img.cas.cz/sage/ 5. 其他SAGE数据库 GutSAGE： /GutSAGE/ StormSAGE： /StomSAGE/ GermSAGE： /germsage/home.html （二）SAGE分析软件 对SAGE数据分析主要包括从原始的序列中得到标签列表，比较来自不同组织细胞或不同生理状态乃至不同物种的标签及其出现频率，在相应数据库中搜索匹配序列，进行基因功能的分析或发现新的基因等。 SAGE300 与sagenet实验方案配套使用 /protocol/index.htm WEBSAGE 对SAGE数据进行统计分析，鉴别差异表达的标签，绘制分析结果的散点图等。 http://www2.mnhn.fr/websage/ ATCG 从标签序列来构建基因表达图谱 /ACTG/ 接受10bp的短SAGE标签、17bp的长SAGE标签、13bp的MPSS标签、16bp的MPSS或SBS标签 POWER-SAGE 对不同大小的样本和不同使用频率的标签的组合进行“虚拟”的SAGE实验分析，用以确定最