[自然科学]QTL定位2010_973.ppt

数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * * * 目前定位方法面临的挑战及我们的对策 3.目前通常只能对单个性状进行QTL定位，不能有效鉴定基因的一因多效和基因紧密连锁 我们已经提出了多变量QTL定位的新方法和软件开发，可对多性状进行联合QTL定位分析的 * 如果性状间存在较强的遗传相关性，多性状联合分析可以提高QTL定位的功效 目前定位方法面临的挑战及我们的对策 4.目前常用的QTL定位方法大多是基于分子标记的关联分析，所检测的QTL只是位于分子标记连锁图的推测位置，无法确定候选基因 我们已经初步完成了基于SNP定位的QTL/S和基于转录子定位的QTL/E的新方法和软件开发，可以直接检测控制性状遗传变异的基因和转录子 * Mapping QTLs based on Markers QTL/E Mapping QTLs based on SNPs Mapping QTLs based on Trascripts Searching QTLs Searching QTNs Searching QTGs 760 M 3800 S 16000 E QTL/S QTL/M QTL/S、QTL/E与QTL/M的定位结果比较 ANASRS-5 ANASRS+5 复杂性状与基因型及单个基因的遗传相关 人类复杂疾病的QTL/S定位结果 SNP共有252个，分别属于31个不同基因 1849个样本个体 性状 V(Q)/V(P) V(QQ)/V(P) V(QE)/V(P) V(QQE)/V(P) V(G+GE)) Q1 0.1443 0.0399 0.3124 0.0665 0.5631 HI 0.3025 0.0623 0.2777 0.1384 0.7809 FTQ 0.275 0.0597 0.208 0.0717 0.6144 均值: 2.1897 表现型方差: 1.6936 单基因遗传率 成对基因遗传率 单基因效应值 成对基因上位性效应值 个人基因型预测值及主要基因预测效应值 极端基因型及其效应值的预测 棉花多年多点双列杂交农艺性状基因定位 8个亲本、10个组合（1×2，1×3，1×5，1×8，2×5，3×5，4×5，5×6，5×7，5×8） 由幼蕾提取的mRNA获得的2万余基因表达谱对皮棉产量定位，检测到39个基因。从中挑选了最大正、负效应值的10个基因，分析其对皮棉产量的贡献率/贡献值 同一环境检测的基因表达谱对皮棉产量的作用 同一环境检测的基因表达谱对皮棉产量的作用 同一环境检测的基因表达谱对产量性状的作用 一环境检测的基因表达谱对7个环境皮棉产量的作用 一环境检测的基因表达谱对7个环境皮棉产量的作用 5.庞大的数据量：几千至几万的样本量，几千至几十万的位点数。一般计算机内存无法装载 庞大的计算量:2至3维互作分析，基于单核CPU的软件无法在可接受的时间内完成计算任务 Human Genome Project, 2001: 27 million sequences， 20,000 CPU hours Sorcerer II Global Ocean Sampling (Yooseph et al., 2007) 28.6 million ORFs，1,000,000 CPU hours! 目前定位方法面临的挑战及我们的对策 * 我们的对策：GPUs并行计算 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析方法 * * 数量遗传分析及QTL 定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析方法 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析方法 * Zhu Jun * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 Jun Zhu, Institute of Bioinformatics, Zhejiang University * * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * 数量遗传分析及QTL定位研讨班 * 浙江大学 生物信息学研究所 朱军 * * QTL定位：任务、挑战与对策朱 军浙江大学 农学系 简单数量性状的遗传特征 表现型 = 基因型值 + 机误 复杂性状的遗传特征 y (表型值) = ? (均值) + E (环境) +