生物信息学实验一ORF.docVIP

实验一：ORF Finder 姓名：朱美婷 班级：药学101班 实验目的 本实验的目的是学会应用ORF Finder 预测水稻瘤矮病毒S8片段的ORF。 实验过程 提交序列 打开ORF Finder 在线服务器，输入待分析系列的GI号或登陆号，等人也可以支持直接粘贴FASTA格式的序列。 参数设置 ORF Finder 默认分析的是全长序列，可以根据实际分析需要，设置序列的长度。如21～1301dp；遗传密码默认使用标准密码子，ORF Finder 提供了22种遗传密码可以供选择，只需在下拉菜单中进行选择即可。这里我们使用默认参数，设置完毕，按下“orffing”按钮开始ORF预测 预测结果 ORF Finder 预测结果给出6个阅读框中可能的ORF图示、编码相位、位置及长度。从预测结果可以看出，一个DNA序列可能有多个ORF。相对而言，一段连续较长的ORF比较短的ORF更可能是编码序列。 这里选择+3相位的ORF，点击阅读框，此时选择的ORF颜色由原来的绿色变为紫色。图示下方出现核酸序列及对应翻译的氨基酸序列。 下面我们要对选定的ORF进行可靠性验证，ORF Finder 中提供一种验证法——比对法，即前文提到的第三者验证方法。 验证参数设置 在验证钱，先设置一下比对参数，这里我们使用默认参数，即“program”→“BLASTp”，“Database”→“nr”。是否带参数比对，可以根据实际分析需要进行选择。设置完毕，点击“BLAST”按钮即可进行比对验证。比对完成后，点击“View report”即可查看比对序列。 结果解读 BLASTP比对结果搜索到多个显著相似的序列，故所预测ORF的可信度比较高。如要获取该ORF所编码的蛋白质序列，可以点击“Accept”按钮后，在“1genbank”的下拉框选择“3Fasta”，并点击“VIEW”按钮，即可获取该ORF所编码的蛋白质序列。