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几种常见酶的结构与功能 蛋白酶 蛋白酶是催化肽键水解的一类酶的总称。尽管肽键的水解在能量学上是十分有利的，但如果没有蛋白酶的催化，一个肽键在中性pH和25℃条件下大概需要300年~600年的时间才能完成水解。 根据活性中心催化基团的性质，蛋白酶可以分为四类：（1）丝氨酸蛋白酶——此类蛋白酶的催化基团包括1个不可缺少的Ser残基，DIFP是它们的不可逆抑制剂；（2）金属蛋白酶——这类蛋白酶在活性中心结合金属离子，其活性绝对需要金属离子，因此金属离子的螯合剂EDTA或邻菲罗啉的存在可导致其活性的丧失；（3）天冬氨酸蛋白酶——其催化基团包括两个重要的Asp，在偏碱性的pH下无活性；（4）巯基蛋白酶——其催化基团包括1个Cys的巯基，巯基试剂为它们的不可逆抑制剂。 所有蛋白酶在催化过程中都经历四面体的过渡态，该过渡态形成的原因是反应涉及一个亲核基团进攻肽键的羰基碳。如果是丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶，进攻的亲核基团分别是Ser残基的羟基和Cys残基的巯基，否则就是水分子。丝氨酸蛋白酶和巯基蛋白酶的催化机理中包括共价催化，脂酰基酶是酶与底物的共价中间物，而金属蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶催化的反应更为直接，没有共价催化。 丝氨酸蛋白酶 这一类蛋白酶以一个特定的Ser残基作为必需的催化基团，属于该家族成员的有胰蛋白酶、糜蛋白酶、弹性蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶、激肽释放酶原、凝血酶、纤溶酶和组织型纤溶酶原激活剂。 丝氨酸蛋白酶的催化机制属于共价催化和广义酸碱催化的混合体，由三个不变的氨基酸残基构成的催化三元体（Ser、His和Asp）起主导作用，这三个氨基酸残基任何一种突变或修饰（例如，Ser被DIPF修饰）均可导致酶活性的丧失。　　　 虽然各种丝氨酸蛋白酶具有高度的同源性，但构成催化三元体的三个氨基酸残基在肽链中的位置并不完全相同。然而，酶学家已达成共识，将这三个氨基酸残基总是进行一样的编号，即His57、Asp102和Ser195。它们在催化中的具体功能是：（1）Ser195充当进攻底物的亲核基团；（2）His57作为广义的酸碱催化剂；（3）Asp102 的功能仅仅是定向His57，影响His的 pKa，改变其酸碱性质。 胰蛋白酶具有很深的底物结合口袋，而口袋的底部又是Asp，特别适合长的碱性氨基酸侧链（Lys和Arg）的结合；糜蛋白酶的底物结合口袋没有胰蛋白酶深，但比它宽，而且口袋壁分布的是疏水氨基酸，所以特别适合芳香族氨基酸的结合；弹性蛋白酶的底物结合口袋非常浅，最适合结合侧链较小的氨基酸残基。 丝氨酸蛋白酶的催化三元体 糜蛋白酶催化的四 面体中间物的形成 糜蛋白酶催化形成的 四面体中间物的稳定