[工学]第九章生物信息学软件介绍2.pptVIP

同源模建的基本过程包括六部分：①寻找一个或一组与待测蛋白质同源的由实验测定的蛋白质结构，进行结构叠合；②建立未知蛋白质与已知结构蛋白质的序列比对；③找出结构保守性的主链结构片段；④模建结构变化的区域，一般为连接二级结构片段间的区域；⑤侧链建模；⑥利用能量计算的方法进行结构优化。一般地，序列一致性越差，匹配的准确程度越低，建立的模型精度也越差，序列一致性低于30％的蛋白质难以得到理想的结构模型。 一、insightII (accelrys 公司） 1、Builder 建分子模型 Sketcher: 画小分子结构 Biopolymer： 画多肽结构 2、力场 1）Discover 2) CHARMm 3) CFF 3、分子动力学优化 寻找能量最小化构象 4、同源模建 1）Homology 2) Modeler 5、活性位点分析 Binding Site Analysis 6、对接 Affinity DS studio 二、Tripos Tripos Software SYBYL its modules SYBYL, Concord , MOLCAD, SiteId, Advanced Computation, GASP, DISCOtech, HQSAR, QSAR, AMPAC, Adv