蛋白质生物信息学幻灯片.ppt

基本性质 (pI,Mw) ProtParam tool 酶切位点 PeptideCutter，Enzyme 数据库 疏水性 ProtScale 质谱数据分析 AACompIdent MultiIdent PROWL ProteinProspector 家族分析 相似序列搜索 BLAST,FASTA 多序列比对 clustal 保守结构域分析 InterPro, CDD, PROSITE 模式位点分析 PROSITE 高级结构 二级结构预测 Jpred 三级结构预测 Swiss-Model 结构预测服务器 PredictProtein 蛋白功能 分泌蛋白 SignalP 膜蛋白 TMHMM 细胞定位 Psort 蛋白修饰 NetOGlyc, NetNGlyc, YinOYang 相互作用蛋白 DIP数据库 作业 1.就你感兴趣的基因及其编码的蛋白质进行一级序列分析 2.写一篇蛋白质有关的综述（格式规范） 要求：二选一 不要抄袭，否者后果严重 PROSITE 内容 PROSITE 主要保存两类信息：模式（pattern）和谱（profile，权重矩阵）。 模式可以理解为保守的氨基酸排列方式，通常以氨基酸单字母方式排列. Profile 为对保守区域每一位置氨基酸保守情况进行打分构建的权重矩阵。 PROSITE- pattern 示例 例如酪氨酸激酶磷酸化位点模式 [RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y 或 [RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y 中扩号表示扩号中的各种氨基酸均可，X表示任意氨基酸，小扩号中的数字表示氨基酸个数。 PROSITE- profile 示例 第一行为该区域出现的氨基酸，每一行为蛋白序列中一个位置，在该位置对各种氨基酸的保守情况都给出一个分值，分值越高表示出现概率越大 PROSITE 使用注意事项 Pattern主要可以用来预测某些生物活性位点，如磷酸化位点、甲基化位点。profile预测可靠性高，可以用来对新蛋白进行分类和提供功能提示。 蛋白的功能位点是与其三维结构紧密相关的，局部区域符合某种pattern不能保证一定会具有对应的性质，要根据实际情况，谨慎对待pattern 预测结果。 PROSITE 工具 ScanProsite 搜索蛋白序列是否含PROSITE数据库中存有的模式或是功能位点。另外还可以提供模式来搜索Swiss-Prot中符合某种模式的蛋白以及蛋白三维结构数据库PDB中含有该模式的蛋白，可察看其对应的三维结构。 MotifScan 使用PROSITE 以及pfam （另外一个蛋白质结构域数据库）中的profile 对蛋白进行搜索。 PROSITE 工具 PRATT 一个用于找出一系列序列中保守模式的程序，用户可以提交自己的一组序列，生成共有的pattern。 PROSITE还提供一些可以下载到本地运行的程序，如ps_scan，但需要安装perl 运行环境。Pftools 同样是可以本地运行的工具，可以搜索PROSITE中的profile，也可以构建用户自己的profile. 补充：蛋白结构域数据库 除了PROSITE 之外，还有很多结构域数据库， 比较著名的有: Pfam http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/search.shtml SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ BLOCKS PRINTS http://www.bioinf.man.ac.uk/fingerPRINTScan/ 结构域数据库的整合 不同数据库由于构建结构域方法不同，结果有重叠也有差别。目前已经有一些整合这些主要结构域数据库的尝试： EBI 的InterPro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ NCBI的CD-search，整合了smart, pfam, cog 三个主要数据库 /Structure/cdd/wrpsb.cgi 北京大学的PAK系统 结构域预测的建议 尽量多采用一些预测程序或是到一些整合多个结构域数据库的站点，综合预测结果。 所有预测还需要用户自己判断，一般比对区域较长，且E value 值越低的结果可信度越高。 数据库介绍 （5） SWISS-2DPAGE 双向聚丙烯酰胺凝胶电泳数据库。保存了很多组织来源的双向电泳图谱，用户可以提交自己的蛋白序列，根据等电点及分子量显示