How to Calculate Effect Sizes for Meta-analysis in R：如何计算在R Meta分析的效应大小_精品.pptVIP

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2018-04-04 发布于湖北
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How to Calculate Effect Sizes for Meta-analysis in R：如何计算在R Meta分析的效应大小_精品.ppt

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How to Calculate Effect Sizes for Meta-analysis in R：如何计算在R Meta分析的效应大小_精品

How to Calculate Effect Sizes for Meta-analysis in R * * Load, Prep, and Check library(ggplot2) library(metafor) #load the data marine - read.csv(marine_meta_short.csv, na.strings=c(NA, ., )) #check variable types summary(marine) * Load, Prep, and Check N_Poly N_Avg_Mono Y_Avg_Mono SD_Avg_Mono LR VLR Min. : 2.000 Min. : 1.0 Min. : 0.001 Min. : 0.0005 Min. :-Inf Min. :0.000028 1st Qu.: 4.000 1st Qu.: 15.0 1st Qu.: 0.091 1st Qu.: 0.0518 1st Qu.: 0 1st Qu.:0.013405 Median : 5.000 Median : 16.0 Median : 1.785 Median : 0.8323 Median : 0 Median :0.045711 Mean : 6.328 Mean : 28.9 Mean : 104.299 Mean : 46.1341 Mean :-Inf Mean :0.144216 3rd Qu.: 6.000 3rd Qu.: 28.0 3rd Qu.: 17.463 3rd Qu.: 8.0472 3rd Qu.: 0 3rd Qu.:0.151159 Max. :32.000 Max. :256.0 Max. :3225.600 Max. :873.1538 Max. : 3 Max. :5.976395 NAs :5 NAs :5 NAs :6 Y_Hedges V_Hedges Min. :-3.2847 Min. :0.03516 1st Qu.:-0.1709 1st Qu.:0.23034 Median : 0.2469 Median :0.28101 Mean : 0.5169 Mean :0.31921 3rd Qu.: 0.8405 3rd Qu.:0.31712 Max. : 8.3140 Max. :2.32007 NAs :6 NAs :6 * Calculating Effect Sizes by Hand #Log Ratio marine$LR - log(marine$Y_Poly) – log(marine$Y_Avg_Mono) marine$VLR - with(marine, { SD_Poly^2 / (N_Poly * Y_Poly^2) + SD_Avg_Mono^2 / (N_Avg_Mono * Y_Avg_Mono^2) }) * Plotting #plot results ggplot(marine, aes(x=Entry, y=LR, ymin=LR-sqrt(VLR), ymax=LR+sqrt(VLR))) + geom_pointrange(size=1.4) + geom_hline(yintercept=0, color=red, lty=2, lwd=2)+ theme_bw(base_size=24) * * Introducing escalc escalc {metafor} R Documentation Calculate Effect Sizes and Outcome Measures Description The function can be used to calcul