样品制备型生物芯片.docVIP

§2 样品制备型生物芯片 样品制备是任何一个完整的生物和医学分析检测过程都必须经历的一个起始程序，在生物芯片上进行检测分析也不例外。如果不实现样品制备，后续的生化反应和检测分析就无从谈起。比如，要对病人血样中的核酸进行PCR扩增以进行疾病诊断，就必须先将有核的白细胞与无核的红细胞分离，因为红细胞所含的血红蛋白对DNA 的PCR反应有抑制作用。所以样品制备是生物研究和医学检测等分析过程必不可少的一个起始环节。 样品制备型生物芯片就是生物芯片技术领域用于执行样品制备功能的微型器件，其目的就是从粗级生物样品中分离或提取目的物质（如细胞、蛋白质、DNA、RNA等），并完成样品试剂的混合、标记等任务，使之适用于直接的生物信息检测。 2.1 传统的样品制备技术 由于生物样品的复杂性和多样性，目前实验室内用于进行样品制备的技术也是异彩纷呈，各有自己的特色和使用范围。在生物样品制备过程中通常涉及的操作主要有样品分离、破胞、样品试剂混合、样品标记、单细胞捕获等。 2.1.1 分离技术 生物样品分离是样品制备中用得很普遍的一个操作，目前生物实验室常用的对细胞、DNA、蛋白质等颗粒的分离操纵技术主要有密度梯度离心、过滤、电泳、荧光流式细胞计、磁流式细胞计等等。这些方法利用细胞和生物大分子的物理化学性质如：比重、大小、电荷、折射率及表面免疫标志等，实现从液样中收集细胞及从细胞混合体中识别、分离目标细胞或者分离DNA、蛋白质等生物大分子。 2.1.2 胞解技术 目前大部分生物学研究都是在分子水平上进行的，也就是说通常的直接实验对象是DNA、RNA和蛋白质等生物大分子，要获得这些生物大分子首先要做的就是将组织细胞或细菌等实行破胞处理，获取其中的内容物。实验室常用的胞解技术有机械胞解法、化学胞解法、热胞解法和生物胞解法。机械胞解法是利用各种机械方式如研磨、超声、组织捣碎、高压挤压等实施破胞；化学胞解法是利用去污剂、有机溶剂等破坏细胞膜的疏水结构来达到破胞目的；热胞解法是通过升温的方式破坏细胞膜的结构来获取细胞内容物；生物胞解法是利用某些溶菌酶的消化作用破坏细胞壁、细胞膜等结构而实现破胞。 2.1.3 样品预处理技术 样品预处理过程主要涉及样品试剂混合、样品标记等操作，实验室最常用的样品试剂混合方式就是机械扰动的方式，比如利用旋涡混合器（vortex）和磁旋子进行样品试剂混合。样品标记实际上也可以看作一个样品试剂混合过程，通常是通过将样品和标记分子混合反应来达到标记目的。目前实验室常用的标记方法有荧光标记法、生物素标记法、同位素标记法等。 2.1.4 单细胞捕获操纵技术 单细胞捕获操纵技术在免疫学、发育生物学和肿瘤学的研究方面有着广泛的需求。目前生物实验室用于单细胞捕获操纵的技术主要是微吸管技术。这一方法的工作原理是利用微吸管产生的负压将单个细胞吸附在微吸管尖端来进行操纵分析。 2.2 样品制备型生物芯片的特点和重要性 就工作原理而言，芯片上的生物样品制备过程与传统的样品制备过程是一样的，通常都是依赖于各种生物、物理和化学手段来实现的。但是在芯片上进行样品制备由于样品量少、空间小，因而有其不同于常规样品制备技术的特点。相对于常规样品制备技术，在芯片上进行的样品制备过程具有速度快、耗时短、试剂消耗量少、自动化程度高、易于操作等特点。 但是从目前生物芯片技术发展态势看说，样品制备型生物芯片的发展严重地制约了生物芯片技术的进一步发展和普遍应用。从生物芯片技术的三个基本环节来说，生化反应和信号检测两个环节已经发展的较为成熟，已经能够很好地在芯片上快速实现一些生化反应和分析检测过程，比如在微芯片反应池中完成对目标DNA分子的扩增反应及在微型通道中完成的毛细管电泳分子分离等等。然而，芯片上的样品制备技术却相对滞后。目前绝大多数的生物样品制备过程仍然要依靠实验室传统的样品制备技术和设备。 正是因为样品制备型生物芯片技术发展的滞后性凸显了样品制备型生物芯片技术在目前生物芯片技术发展中的重要性。几乎所有的生物芯片上的分析检测起始程序几乎都是一样的，即首先将DNA、RNA或蛋白质从生物样品中提取和分离出来。但是多数情况下需要检测的生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体（如全血、人的细胞或组织、痰、唾液、尿液、精液等）或者是生物样品与其它杂质的混合体（如各种细菌和食物、灰尘等杂质的混合物），除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应。但是由于现在的样品制备过程大多数仍然采用传统的样品制备方法，所用的仪器也仍然是庞大的离心机等实验室常规仪器。这样与之相联系的样品制备步骤通常相当复杂和耗时。比如，要用基因芯片对母体中未出生胎儿进行遗传缺陷方面的检测，通常的操作流程是：首先通过羊水穿刺、绒膜纤毛采样或密度梯度离心、磁性示踪细胞分选法等方法从羊水或母体外周血中分离获取胎儿有核细胞，然后通过