分子进化研究中系统发生树的重建-生物多样性.PDFVIP

生物多样性 　第 6 卷 ,第 1 期 ,1998 年 2 月 CHIN ESE BIODIV ERSIT Y　6 ( 1) :55～62 , February , 1998 分子进化研究中系统发生树的重建① 常 　青 　　周开亚 (南京师范大学生物多样性与分子进化研究室 , 　南京　210097) 摘 　要 　在现代分子进化研究中 ,根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重 要的问题。一个可靠的系统发生的推断 ,将揭示出有关生物进化过程的顺序 ,有助于我们了解生物进化 的历史和进化机制。本文简要介绍了系统发生树推断的几个重要问题:建树方法、数据转换、树的可靠 性及目前使用较多的几种分析软件。 关键词 　分子进化 ,系统发生树 ,DNA 标记 ,DNA 序列 Phylogeny reconstruction in the study of molecular evolution/ CHANG Qing , ZHOU KaiYa Abstract 　Reconstruction of the evolutionary history of species based on the genetic and species diversity is one of the most important subjects in the current study of molecular evolution. If reliable phylogenies are pro duced , they will shed light on the sequence of evolutionary events , and help us to understand the mechanisms of evolution as well as the history of organisms. The goal in this paper is to give a brief introduction to several important issue in phylogeny inferring : the treebuilding methods , data transformation , reliability of inferred tree , and several common used computer pro grams. Key words 　　molecular evolution , phylogeny reconstruction , DNA makers , DNA sequence Author ’s address 　　Biodiversity and Molecular Evolution Research Laboratory , Nanjin g Normal University , Nanjin g 210097 ( ) DNA 标记 如 RFL P 、RAPD 、微卫星 DNA 标记等 及 DNA 序列测定是最近发展起来的从 DNA 水平来研究生物多样性与生物进化的分子生物学技术 ,它通过揭示 DNA 分子中核苷酸的变 异来研究动物的系统发生、种内分化及遗传多样性等 , 目前已日益引起动物系统学和进化生物学研 究者的注重。如何正确地分析这些分子生物学数据 ,推断出系统发生关系 ,亦是每个研究者所必须 考虑的问题。有关分子分类理论方面的若干问题及系统研究中如何比较分析 DNA 序列方法曾有 综述[1 、2 ] 。本文拟就分子进化研究中系统发生树重建的若干理论问题及常用重建方法作一介绍。 1 　　系统发生与系统发生树 ( ) ( ) 系统发生 phylo geny 是指一群有机体发生或进化的历