第二章 第六节 生物合理设计.pptVIP

* * 第六节 生物合理设计 一、生物合理设计的概念 生物合理设计（biorational design）是利用靶标生物体生命过程中某个特定的关键生理生化作用机理作为研究模型，设计和合成能影响该机理的化合物，从中筛选先导化合物，然后优化结构来开发新药的一条研究开发途径。 二、生物合理设计的特点 1.逆向思维; 2.研究起点高; 3.知识基础新; 4.研究手段先进。 三、作用机理及靶标选择 农药 环境相 生物运动相 生物动力相 环境相(environmental phase)农药施用后要通过周围环境才能接触靶标生物体,这段路程称为环境相。 生物运动相(biokinetic phase)农药分子进入靶标生物体内历经渗透、吸附、传导、分布、代谢、积累或排泄等运动过程,才有可能到达作用部位,这段路程称为生物运动相。 生物动力相(biodynamic phase)农药分子在作用部位与某种酶或受体作用,发生关键的活性效应,这段路程称为生物动力相。 没有与农药分子结合的AchE 农药分子与AchE结合 1.概述 2.生物合理设计中选择作用机理及靶标的原则 ①应当选择作用机理已基本阐明达到生物化学或分子生物学水平的对象; ②应当选择靶标生物特有的作用机理，由此开发的新药就具有独特的选择性即专效性，不致影响非靶生物; ③应当选择易受攻击的作用部位或生命过程中某个薄弱环节; ④应当选择对生命过程有关键影响(致命性)的作用机理作为对象; ⑤还应考虑靶标生物的典型代表性和经济重要性。 3.生物合理设计的程序 ①研究目标生物的某一生化途径(biochemical pathway)，该途径的末端产物对目标生物来说是生命攸关的，如果干扰这一途径中的某一个环节，目标生物将死亡。 ②选择并确定一个酶或受体作为合适的靶标; ③设计和合成可以抑制靶蛋白的化合物; ④根据选定的靶标机理,建立离体的酶活性测试或代谢测试,以及活性筛选体系;在此基础上进行定向筛选,最后通过活体筛选体系来评价化合物的生物活性。 四、基于酶或受体的功能与生化反应研究的干扰剂的设计与开发 1.运用酶化学机制的靶标酶抑制剂的设计与研究 酶是一类重要的功能蛋白质,它在生命体内的催化和调控作用是维持各种生理活性和新陈代谢的基本条件,任何影响、干扰和破坏酶结构及功能的因素都可造成生理紊乱,导致病变甚至死亡。 目前对多种农药的作用机理阐明的结果表明,大多数农药都是与某种特定的酶或受体结合,发生化学反应而表现活性作用的。 因此,根据特定酶的化学反应机制,采用下列两条策略设计合成靶标酶抑制剂: 其一根据靶标酶的底物或靶标酶底物过渡态的化学结构特点(分子大小、形状、官能团)来设计合成结构类似物; 其二使所设计的化合物能够与酶的活性中心以非共价或共价的方式形成比较稳定的复合物或结合体。 ①根据靶标酶底物的结构特点设计酶抑制剂—丙酮酸脱氢酶系抑制剂的设计 与研究 丙酮酸在有氧状态下，进入线粒体中，丙酮酸氧化脱羧生成乙酰CoA进入三羧酸循环，进而氧化生成CO2和H2O，同时NADH+H+等可经呼吸链传递，伴随氧化磷酸化过程生成H2O和ATP。 催化氧化脱羧的酶是丙酮酸脱氢酶系(pyruvate dehydrogenase system)，此多酶复合体由丙酮酸脱氢酶（E1），二氢硫辛酰胺转乙酰酶（E2）和二氢硫辛酰胺脱氢酶（E3）按一定比例组成，其组合比例随生物的不同而不同。参与反应的辅酶有硫胺素焦磷酸酯（TPP）、硫辛酸、FAD+、NAD+及CoA。 在丙酮酸脱氢酶系催化下,丙酮酸1、化合物2与TPP反应的比较 芳(杂环)氧基乙酰氧基烃基膦酸衍生物在植物体中可能的代谢途径 I50=29.14umol/L I50=70umol/L HW-02 ②酶催化过渡态理论及酶抑制剂的设计 A.酶催化过渡态理论 Pauling在对酶催化机制的阐述中,曾提出酶催化的过渡态理论。Jencks后来进一步发展了Pauling的理论,形成较为完善的酶催化过渡态理论。 在结构和电荷排列方面,酶分子与它催化反应的过渡态是互补的,即酶分子充当化学反应的模板,使底物分子转变成新的构型_过渡态,随着反应的进行,能量平衡转向有利于能量较低的产物分子一边,而过渡态不会回到底物分子。 C.过渡态类似物抑制剂的分类 根据化学结构目前所报道的过渡态类似物抑制剂主要分为:负碳离子类的过渡态类似物,正碳离子类的过渡态类似物,磷酸基转移的过渡态类似物,四面体过渡态类似物。 B.过渡态类似物 在空间结构、疏水性匹配和电子等因素上能够模拟一个酶催化反应过渡态的稳定化合物称为过渡态类似物。 D.实例 丁苯哌啶 丁苯吗啉 十三吗啉 麦角甾醇生物合成途径 胺类杀菌剂与甾醇TS的关系 (Tr