一株属于候选门op10的纯培养菌株gsoil348的全基因组测序分析-微生物学专业论文.docx

复旦大学硕士学位论文一株候选门OP10 的纯培养菌株G S348 的全基因组测序研究transeriPtom e .A nd G Soil348 also eon tains relative eom Pleted Pathw ay in carbonfixation in Photosynthetie organism s.This finding im Plied thatG Soil348 orevenother m em bers inC andidate PhylumO P10m aybeabletoPerformPartialPhotosynthesis.K eyw ords:W holegenom esequenee，CandidatePhylum O P 10，Phylogenetieanalysis，B ioinform atieanalysis，M etaboliePathw ay analysisClassifieationeode:Q938.1+5复月大学硕士学位论文株候选门OPIO的纯培养菌株GS348的全基因组测序研究第一章前言基因组和微生物基因组学基因组(Genome)这一概念最早由德国汉堡大学的植物学教授HanSWinkler于1920年提出，是将基因(genes)和染色体(chromosomes)相结合创造出的一个新词。其含义为染色体所有组分以及其中所包含的基因【l]。基因组中包含着生物体DNA 上的所有基因和非编码序列(non一COding :equenCeS)。而基因组学(Gen。mi。:)则是通过对生物体基因组序列的分析，以及各种生物间基因组的比较来揭示生物体的遗传学生物学等方面的特征，以及物种进化、代谢等多方面信息的一门学科[2」。在DNA 测序技术出现以前，对生物基因组的研究只能在一个或一组基因的水平上进行，因此难以全面的反映生物基因组所包含的所有信息，可以说并没有真正意义上的基因组学。随着DNA测序技术的出现「3]，其发明者Sanger等人首先测定了一种细菌噬菌体phiX 174 的全基因组序列「4」。此后，越来越多的全基因组被测序，早期主要集中于基因组较为简单的各种病毒「5一6〕，随着测序技术的不断发展，逐渐扩展到了原核生物和真核生物邻域，自此，基因组学开始蓬勃的发展起来。美国生物学家Craigventer于1992年在美国马里兰州创建了非营利性组织基因组研究中心(The Institute forGenomiCReseareh，TIGR)，并于1995年使用全基因组鸟枪法测序(Wh。leGenomeShoutgun，wGS)测定了流感嗜血杆菌(Ha‘砍万劝ilus，’nfluenza。)的全基因组序列「7」，这是人类历史上首个进行全基因组测序的细菌。随着人类基因组金，1划(HumanGenomePr。geCt，HGP)的开展和顺利结束[8〕，基因组学成为生命科学当中一个相当重要的领域「2」。在此大背景下，越来越多的微生物全基因组测序工作得以完成。其中，一个里程碑式的事件是大肠杆菌K一12 菌株(旅动eI’1 动z’a :oI了K一12) 的全基因组序列测定的完成「9〕。作为一个使用最广泛的模式菌株，大肠杆菌几乎在所有的生物学研究领域中都有广泛应用，几乎可以认为，所有的生物学家都在研究着两种生物，一种是他们自己研究领域中的研究对象，另一种就是大肠杆菌「1。〕。目前，大量的微生物全基因组序列测定完成，这些测序工作主要集中由几个测序中心完成，其中包括美国的 T工GR，DOE/JGI;英国的Sanger;日本的Kazusa和法国的Paste盯等中心。所有己测序的基因组序列以及注释信息都可在公共数据库中自由下载。最常用的数据库包括NcBI，GOLD，工MG 等。复旦大学硕士学位论文一株候选门OP10的纯培养菌株GS348的全基因组测序研究至2010年5月，跟据IMG数据库(Int。‘gratedMicrobialGerlomeS)[11〕的统计结果，目前己公布的微生物全基因组或全基因组草图(draft)，包括细菌，古菌，真核微生物，质粒以及病毒在内，总数为5648个。这是一个相当庞大的数据，为基因组学的研究提供了很大的便利。现在，当新测定一个微生物的基因组时，可以首先在数据库中寻找已发表的与要测定的微生物亲缘关系最接近的微生物全基因组序列作为参考序列(referenCeSequenCe)。这样，在进行测序时，往往可以节省大量时间和精力。一个最典型的例子就是，在基因组测序的gapfinishing阶段，通过将未完全拼接的片段(contig)与参考序列比对，可以知道contig之间的大概关系，然后再有针对性的设计引物并PCR