生物信息学在蛋白组学研究中应用.pptVIP

4. De novo sequencing 即手动解释谱图，无须使用数据库检索程序，已有辅助工具。 Tools: Lutefisk: /Lutefisk (free) De Novo: :8000/msms/menu/denovo.htm (web) PEAKS: /Software/peaks/index.php * 各位老师、同学大家好，今天我seminar的题目是生物信息学在蛋白组学研究中的应用 我要介绍的主要内容有：生物信息学的产生和发展；生物信息学在蛋白组学研究中的作用；在蛋白组研究中生物信息学的应用；存在的问题和展望。 生物信息学的产生和发展和生物学与计算机、网络技术的发展是离不开的。 1865年，孟德尔遗传三大定律的发现；1953年，沃森、克里克发现DNA双螺旋结构为生物学以及分子生物学奠定了基础，使其从传统的观察科学转变成了实验科学，并使得生物学研究跨入了分子水平。 计算机在初创时期就几经被用来收集、分析生物学数据，由此萌生了生物信息学； 随着大量生物学信息的产生和积累，人们开始意识到数据库的重要性，发达国家相继建立了生物信息库。 60年代，手工搜集蛋白质数据库；1979年，美国GenBank；1982年，欧洲EMBL；1984年，日本DDBJ； 到了20世纪80年代末期人们才第一次提出了bioinformatics一词，它的概念和含义也一直被充实和完善； 随着在1995年，第一个全基因组序列的测定生物信息学开始走入了基因时代 1995年，流感嗜血杆菌；1997年，酵jiao母；1998年，线虫；2000年，果蝇；2001年，人类；2002，水稻以及后来的岭南芥和小鼠的全基因组测定都已经陆续完成，人们开始拥有了大量的基因信息，为基因组和蛋白组研究打下坚实的基础。 好处：所有被编码的蛋白都可以被预测和鉴定；遗漏的功能可以被鉴定和分析；可以 研究各个肌体中的特性和新颖性；可以进行预测和评价。 但是基因组在肌体内所有细胞内都是一致的，在一定时期内是稳定的，并不能反映机体的真实情况。蛋白质是生物体内执行功能的重要分子，细胞内蛋白质的组成、含量反映着我们肌体内的真实情况。所以研究细胞内的蛋白质才是我们谈探索生命秘密的途径。 下面我们来看一看对蛋白组学的定义，蛋白质组学的研究是对特定的通路、细胞器、细胞、组织、器官和肌体中包含的所有蛋白质，进行鉴定、表征和定量，提供关于该系统准确和全面的数据。 这是一张关于蛋白组研究的实验说明图， 我们可以看出生物信息学从生物样品的准备一直到最后数据的处理都贯穿于我们的研究当中。 所以了解和使用生物信息学工具对我们的蛋白质组学研究是必不可少的。 DNA测序目前已经非常成熟，所以通过翻译编码的DNA获得相应的蛋白质序列是常用来得到未知蛋白质序列的方法，主要同过两个步骤来实现： 首先是寻找DNA的开放阅读框，也就是DNA表到蛋白的序列，可以通过一些来完成，如NCBI的开放阅读框找寻器；第二步就是将这些序列翻译成氨基酸序列，可使用欧洲生物信息研究所（EBI）提供的Protein machine 来完成。 另外，在网络上也拥有丰富的资源可以使用，如1）美国国家生物技术信息中心（NCBI）： GenBank核酸序列数据库, /genbank； 2）欧洲生物信息研究所（EBI）： 欧洲分析生物学实验室核酸数据库（EMBL）, www.ebi.ac.uk； 3）日本国立遗传学研究所： 日本DNA数据库（DDBJ）, www.ddbj.nig.ac.jp。 Mascot是概率为基础，测量绝对概率的方法 Profound是使用贝叶斯理论，根据肽段出现的机率，在数据库中进行检索。 SEQUEST根据实验得到的和数据库中的实际谱图之间的交叉相关来对蛋白进行检索的。 PMF——MS-Fit（Prospector的一部分）、ProFound、Mascot； MS-Fit 和Mascot是基于肽段出现的绝对或然率进行检索的，ProFound是基于贝叶斯理论，根据肽段出现的几率，在数据库中进行蛋白质序列检索。 PFF——Mascot、SEQUEST、Emowse（EMBOSS软件包）。 SEQUEST是根据测量得到的谱图和数据库中模拟的酶解谱图之间的交叉相关来进行检索的。 但上面的这些软件和算法都是商品化的， Emowse是一个免费的软件在网上可以获得。 2. 网路鉴定工具: AAComldent工具和PeptideMass工具都是expasy网站上的蛋白质一般性鉴定工具。 AAComldent通过将未知蛋白质的氨基酸组成测量值与数据库中蛋白质的氨基酸组成的理论值相比较预测蛋白质。在加入一些限定因素后，可以增加鉴定的准确度。 PeptideMass是用于多肽图谱实