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(a) 间接药物设计 这类方法从一组小分子（例如几十个）化合物的结构和生物活性数据出发———分子力学和动力学模拟———研究其结构－活性关系的规律———在此基础上预测新化合物的生物活性（药效）和进行高活性分子的结构设计。 定量构效关系（QSAR）是一种重要的间接药物设计方法。 　　小分子化合物(理化参数和生物活性数据) 线性回归／拟合各项系数  构－效关系方程 预测生物活性 设计具有更高活性的药物分子。 　　 药效基团模型方法是一种重要的间接药物设计方法。 　　药效基团通常是指那些可以与受体结合位点形成氢键相互作用的、静电相互作用、范德华相互作用和疏水相互作用的原子活性官能团。 　　分析和比较化合物化学结构 找共同特征结构 建立药效基团模型。 * * ? 分子模拟概论 计算机模拟在高分子和生物大分子领域的应用从20世纪60年代至今已经发展到一个崭新的阶段。它是基于3个方面的发展： 1.分子力场的发展 2.模拟分子体系算法的发展 3.计算机硬件软件的发展 1. 分子模拟法是用计算机以原子水平 的分子模型来模拟分子的结构与行 为