生物计算机1.01.pptVIP

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生物计算机 蒋哲艺 胡凌翰 前 情 提 要 1)问题提出: 诺贝尔奖获得者Feynman 提出了分子计算的构想(1959) 图灵奖获得者Adleman提出基于生化反应机理的DNA计算模型(1994) 从 1994 年至今,已建立了不少的DNA计算模型 2)重要突破: 北京大学在2007年提出的并行型DNA计算模型,将具有61个顶点的一个3-色图的 所有48个3-着色全部求解出来,其算法复杂度为359,而此搜索次数,即使是当 今最快的超级电子计算机,也需要13 217年方能完成。 上次ppt我们留了一个问题: 一个可行的方案是基于微流控制系统   微流控制系统可将生物和化学等领域中所涉及的样品制备、生物与化学反应、分离检测等基本操作单位集合在一块几平方厘米的芯片上,用以完成不同的生物或化学反应过程,并对其结果进行检测。计算机芯片使计算微型化,而微流控制系统使生化实验室微型化,因此,在生物医学领域其可使珍贵的生物样品和试剂消耗降低到微升甚至纳升级,而且分析速度迅速提高,成本急剧下。   目前全世界已至少有30多个重要的实验室(包括MIT、Stanford大学、加州大学伯克利分校、美国橡树岭国家实验室等)在从事这一领域的开发和研究。 降。 一个可行的方案是基于微流控制系统 这个方案的缺点是还处于理论阶段: 扫描二维码可以赠送一篇相关      文献。 降。 前 情 提 要 如果DNA反应可以达到可接受的速度的话,那么DNA分子计算机存在应用可能性! 好了,现在是正片了,解决方案是: 首先将问题划归: 1)生物技术操作层:由对生物分子及生物分子链的操作 (如复性、变性、切割、连接、PCR复制、电泳、读序列等 ) 2)生物算法控制层:实现对生物技术操作层的有序操作, 该层的用户是分子生物学的专家, 他们可以根据计算意图, 直接用生物技术设计分子计算步骤。 3) 应用层:程序员 由于时间关系我们主要解决算法控制层的问题(这里的时间指PPT制作方的时间成本) 首先是可行的储存方案  即 用DNA表示一个2进制数 可以 采用“位数表示法” 比如表不同的DNA片段。染色代表片段在m片段中。白色表示还未加入片段 如图:这个可以表示数 这种方法给我们设计1到8片段留下了很大空间 我们可以通过相应的手段合成一种DNA 右图是用POA方法 (一种PCR) 当然还可以用其他的方法 尝试解决DNA的运算问题 我们知道2进制的运算只有两种情况:1变为0,0变为1 即,两个算子插入算子和删除算子。 即,剪切酶+链接酶  & 链接酶 由于片段的顺序和DNA对应的意思没有关系。所以无需考虑DNA子片段的位置。 其实,DNA计算机发展是迅速的 通信模型实例 而且具有广大前景      DNA计算机的研制对理论科学的研究具有无法估量的意义,特别是针对数学、运筹学与计算机科学。这是因为,在理论研究中,许许多多的困难问题在DNA计算机的面前可能显得非常简单,如著名数学家Erd?s认为人类要解决Ramsey 数R(5,5)、R(6,6)是非常困难的。然而,若用DNA计算机,该问题将会很容易得到解决。    由于DNA计算的巨大并行性所导致的惊人速度,使得目前的密码系统对于DNA计算机而言已经失去意义。这就意味着,哪个国家在DNA计算机的研制中首先取得成功,这个国家在军事信息领域必将占据领先地位。 相信有一天,DNA计算机能出现在我们面前,因为科技发展的速度难以想象。 我从不想未来,它来得太快。                ——爱因斯坦 * 2 1 3 5 7 4 6 8 *

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