病例-对照关联分析中的精确检验及其运用.pdf

摘要 基因关联分析中MAX检验是一种常用的稳健有效检验方法。MAX检验是若 见的基因遗传模型，如显性模型、隐性模型及可加模型。MAX检验不仅对于遗传 模型归类错误有很好的稳健性，而且比同样具有稳健性的Pearson卡方检验的功 效更高。MAX检验的显著性可以通过置换方法或者正态逼近方法得到。其中置 换方法可以达到理想的精度但是需要花费大量计算，而正态逼近方法虽然速度快 却往往不够精确。现代复杂疾病研究的中心大多是基于上百万个单核苷酸标记物 (SNP)的全基因组搜索，计算方法的高效性和精确性成为关联分析问题的关键。 本文中我们研究单个位点的关联性稳健检验显著性的精确算法，特别地，我们研 究了MAX类型检验和基因模型选择方法(GMS)的精确P值计算法。我们提出了计 算MAX检验的精确P值的有效算法MaXact，该算法同置换方法一样可以得到精确 的P值，但是却更为快速；该算法的计算速度与正态逼近算法相当，但可以给出精 确的P值。模拟结果和实际数据的应用结果同时表明，样本量适中的情况下，精确 的MAX检验所需要的计算花费与Pearson卡方检验或者等位基因检验是相当的， 比置换次数为，2的置换方法有效n倍。本算法已经做成R软件包’MaXact’，可从统计 软件开源库CRAN获取http：／／cran．r—proj 在MaXact的基础上，我们进一步构造控制变量，有效地减少了估计多位点P值所 需的模拟次数，该方法可应用于全基因组关联分析。 关键词：精确检验，MAX检验，正态逼近，置换，多重检验，控制变量 MAXin its Exact testscase-controlassociationwith analysis applications Tian in Jianan(majoredStatistics) Directed byProf．YangYaning associationMAXtestsisnowacommon in asso- Testing using strategygenetic ciationstudies．AMAXtestisthemaximizationofseveralone degree-of-freedom trend teststhatare forsomecommon Cochran—Armitage respectivelyoptimal genetic modelssuchasthe oradditivemodels．In dominant，recessive additiontotheirro． bustnesstomodel testswereshowntObemore than misspecification，MAX powerful thePearson oftheMAX testscanbeassessedeither chi-squaretest．Significance by the couldreach butis method，which