蛋白质序列比较中的图形表示及其相似性剖析.pdf

摘要 摘要 蛋白质结构预测是生物信息学中的重要课题，而蛋白质序列是蛋白质结构预测的 基础。由此蛋自质序列的比较分析就显得尤为重要。我们在这里主要探讨的就是蛋白 质序列比较中的图形表示方法和在此基础上的相似性分析方法。 本文总结了蛋白质序列比较的一些已有方法和算法后，就其中的蛋白质序列的图 形表示进行了详细研究，给出了3维和6维这两种图形表示方法，一种方法具有直观 的优点，另一种方法具有完备描述序列特征的长处。接着，在6维图形表示的基础上， 做出其相似性分析，给出某个蛋白质序列的各种距离矩阵，并就L／L矩阵给出它的最 大特征值和信息熵这两个量，由于6维图形表示有三种不同形式，所以每一个蛋白质 序列的最大特征值和信息熵都是一个三维向量，然后就这些向量来进行序列间的比。 较。得出的比较结果与已有的结果很相似。最后就相似性补充了两个蛋白质序列间最 长公共子序列问题。这种图形表示方法及其相似性分析对于蛋白质序列的比较是一种 新的推动力。 关键词：序列比较，图形表示，相似性分析，最长公共子序列 ———— 查堡墨三茎兰堡圭兰焦堡塞 Abstract ThestmctLEe of isthe of informatics． proteins prediction importantproblem biology Andthe isthe of proteinsequencebasethestructure of the prediction proteins．So and are with methods comparisonanalysis ofproteinsequence providedsignificance．2The of andthe of arethe in representation graphical analysissimilarityleadingstudyobjects this paper． the and This SuITIS methods ofthe paper up sequences algorithmsprotein comparison． Then3Dand ale former 6I)graphicajrepresentation respectively presented．The has otherthe it intuitionalmerit．The