蛋白质2 2012最新生物化学精品课件.ppt

;第二节 氨基酸;一、蛋白质的基本单位——L-?-氨基酸;构型：分子中各原子或基团之间的连接方式称为分子的构型。组成蛋白质的氨基酸除Gly以外都有手性碳原子，在三维空间上就有两种不同的排列方式，它们互为镜影，这两种不同的构型分别称为D-型和L-型。 ;;2. 基本氨基酸的分类、结构及代号 ;(2) 按侧链R基的极性;氨基酸的结构及代号:;色氨酸 tryptophan Trp(Try) W 5.89;(acidic); 特殊氨基酸(Special amino acids) – Gly;具环式结构的亚氨基酸(ring structure and imino acid);具有活性的巯基 (active thiol)易氧化形成二硫键(disulfide bond), 可用作还原剂( reducing reagent); 特殊氨基酸(Special amino acids) –组氨酸 His;特殊氨基酸(Special amino acids) –Phe, Tyr 和Trp;3. 蛋白质分子中不常见(非标准)的L-?-氨基酸;硒代半胱氨酸;二、天然的非蛋白质氨基酸;1. 氨基酸的一般物理性质 常见氨基酸均为无色结晶,其形状因构型而异;酪氨酸的?max＝275nm，?275=1.4x103; 苯丙氨酸的?max＝257nm，?257=2.0x102; 色氨酸的?max＝280nm，?280=5.6x103;;2. 氨基酸的主要化学性质; 氨基酸在水中的两性离子既能像酸一样放出质子，也能像碱一样接受质子，氨基酸具有酸碱性质，是一类两性电解质。;不同pH时氨基酸以不同的离子化形式存在： ; 实验证明在等电点时，氨基酸主要以两性离子形式存在，但也有少量的而且数量相等的正、负离子形式，还有极少量的中性分子。 ;(a) 氨基酸的酸碱滴定曲线 ;;(b) 等电点的计算 ;酸性氨基酸，以Asp为例：;碱性氨基酸，以Lys为例：;（2）氨基酸的化学反应 ;（b）与HNO2的反应;（c）与甲醛的反应 ;;（d）酰基化反应 ;（e）烃基化反应 ;DNFB;(g) 与苯异硫氰酸（酯）的反应 ;α-羧基参加的反应 ;酰化氨基酸;（b）成酰氯反应 ;（c）成酰胺反应 ;（d）脱羧基反应 ;（e）叠氮反应 ;α-氨基和α-羧基共同参加的反应 ;（b）成肽键 ;侧链R基参加的主要反应 ;（b）苯环的黄色反应 ;or;第三节　肽 (peptides);2. 肽键的特点;;二、肽（peptides） ;通常在多肽链的一端含有一个游离的?-氨基，称为氨基端或N-端；在另一端含有一个游离的?-羧基，称为羧基端或C-端。;上述五肽可简写表示为：Ser-Val-Tyr-Asp-Gln; ;2. 肽的理化性质 ;(2) 肽的化学性质 ;一、蛋白质的分类 ;（二）根据组成和溶解度;2．结合蛋白质（conjugated protein）：亦称复合蛋白质， 由蛋白质和非蛋白质两部分组成。 ;（三）根据功能 ; 为了对蛋白质结构叙述的方便，人为地将蛋白质的结构分为一级结构、二级结构、三级结构和四级结构。 ; 随着蛋白质化学研究的进展，认为在二级结构和三级结构之间还可划分超二级结构和结构域两个层次，所以蛋白质的结构层次为：;（一）蛋白质的一级结构（primary structure） ;2．蛋白质一级结构的测定 ;Analysis of aa sequence in the polypeptide  (protein sequencing);Aa sequencing;（1）肽链的拆开和分离与纯化 ;（2）末端分析：包括N端分析，C端分析 ;② 丹磺酰氯法（DNS法） ;③ 苯异硫氰酸(酯)法（PITC法、PTC法、PTH法、Edman降解法 ） ;④ 氨肽酶（aminopeptidase, Apase）法 ;亮氨酸氨肽酶（Leucine amino peptidase, LAP）;C端分析 ;② 肼解法：也称联氨法 ;③ 羧肽酶（carboxypeptidase, Cpase）法 ;4种羧肽酶的来源和专一性 ;（3）肽链的氨基酸组成分析 ;（4）肽链的部分水解 ;酶解方法 ;（5）肽段的分离和氨基酸序列测定 ;（6）找重叠肽从而推断整个肽链的氨基酸序列 ;（7）二硫键位置的确定 ;Aa composition analysis;蛋白质的分子结构包括： 一级结构 (primary structure) 二级结构 (secondary structure) 三级结构 (tertiary structure) 四级结构 (quaternary structure);（二）蛋白质的三维结构