小分子-蛋白质分子对接-山东大学课程中心.PPT

蛋白质相互作用常用对接软件 ZDOCK: / GRAMM-X: /resources/gramm/grammx 输出值都为多个对接状态（根据能量高低排序，能量低的排名靠前）。结果可用VMD查看。 GRAMM-X的输出结果，即多个对接状态都保存在同一个PDB文件中。 该PDB文件包含多个Frames，每个Frame为一个对接状态。保存输出结 果中的某一个状态：在VMD main中选中当前的文件，右键Delete Frames，删去不要的那些状态，再右键Save Coordinates，保存唯一留下的没删的状态。 分子对接（docking）：蛋白质-蛋白质 分子对接 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 对接结果链接会发送至邮箱（不接受免费的邮箱，如hotmail，gmail等）。 / ZDOCK：全能在线对接工具 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 选择或者排除某些残基参与蛋白质相互作用。比如，从发表文献中已知LYS732是参与蛋白质相互作用的重要氨基酸，所以就要在“Select Binding Site Residues”里选中它。 * ZDOCK：全能在线对接工具 确认一下你的选择，没问题点OK。保存下面的链接，大约30分钟后到该链接所指网页收结果。 6.4.3 四级结构的获取：蛋白质-蛋白质分子对接 ZDOCK：全能在线对接