基于GSS序列猴面花miRNA生物信息学研究.docVIP

基于GSS序列猴面花miRNA生物信息学研究 　　基金项目 海南省研究生创新科研课题（Hyb2012-2）；海南医学院科研培育基金（HY2013-18）。 　　 　　摘要应用miRtour在线分析工具对猴面花GSS序列进行分析，预测猴面花的miRNA序列，应用psrobot预测 miRNA的靶基因。结果发现50条不同的猴面花miRNA成熟序列，尿嘧啶在miRNA 5′端第1碱基出现频率最高，有64条编码序列受到猴面花miRNA的调控。靶基因中有15个编码转录因子，有21个编码酶。 　　关键词猴面花；miRNA；生物信息学；GSS序列 　　中图分类号Q74文献标识码A文章编号 1007-5739（2014）11-0345-03 　　 　　BioinformaticsStudyonmiRNAinMimulusgutatusBasedonGSSSequences 　　LI Chong-qi 1，2，3ZHOU Peng 2，3CAI Wang-wei 1 * 　　（1 Department of Biochemistry and Molecular Biology，Hainan Medical College，Haikou Hainan 571199； 2 Institute of Tropical Bioscience and Biotechnology/Analysis Testing Center，Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences； 3 College of Agronomy，Hainan University） 　　AbstractMimulus gutatus miRNA was predicted based on GSS Sequences by miRtour，whereas miRNA-targeted mRNAs were predicted by psrobot. 50 unique mature miRNA sequences were found in which the uracil nucleotide is dominant in the first position of 5′mature miRNAs. 64 mRNAs were regulated by miRNA in which 15 targets was transcription factors，21 targets was enzymes. 　　Key wordsMimulus gutatus；miRNA；bioinformatics；GSS sequence 　　 　　miRNA是一类长度为19~24 bp的内源性小RNA分子，其主要通过与靶基因结合后在转录后水平进行基因表达调控。由中介子（Mediator）将RNA聚合酶Ⅱ招募到miRNA基因的启动子后转录miRNA初级转录产物（primary miRNA，pri-miRNA）[1]，然后经历与mRNA相同的加帽、加尾和拼接过程后，形成独特的茎环结构[2]，植物中再在DCL蛋白的作用下加工为miRNA前体序列（precursor-miRNA，pre-miRNA）。miRNA前体序列再经过一些列复杂过程加工为成熟的miRNA序列后，与Argonaute蛋白结合形成RISC复合体后与靶基因结合在转录后水平发挥调控作用。由于miRNA参与了植物器官的发育、代谢的调节和抗逆反应等一系列复杂生物学过程[3]，因而近年来miRNA被广泛应用于植物的遗传品质改良工作。 　　而猴面花（Mimulus gutatus）为玄参科沟酸浆属草本植物，原产于北美西部，现在世界范围内被广泛栽培。猴面花可用于公园、小区的花坛、花台、花境栽培观赏，也是庭院及居室栽培的优良材料[4]。此外猴面花还是被广泛应用于生态和进化遗传学研究领域的模式生物[5]。本研究拟应用miRtour在线分析工具（http：//bio2server.bioinfo. uni-plovdiv.bg/miRTour/）[6]对猴面花的GSS序列进行分析，识别其miRNA基因和靶基因，为进一步开展猴面花遗传品质改良工作和探讨猴面花独特的生态特点奠定理论基础。 　　1材料与方法 　　1.1试验材料 　　从美国国家生物技术信息中心（National Center for Biote-chnology Information，NCBI）的网站（）的GSS数据库中下载134 919条猴面花序列，另外分别从rfam网站（http：//rfam.sanger.ac.uk/）和pfam网站（http：//pfam.sanger.ac.uk/）下载非编码R