不同类型猪小肠组织差异EST的鉴定及SNPs分析-遗传学专业论文.docxVIP

I I 摘 要 猪小肠是营养物质消化吸收的重要场所，并且随不同类型猪种表现出特异 性，研究不同猪种小肠组织基因的差异表达对了解猪种对营养物质利用的遗传机 制具有重要的意义。本研究利用安徽地方猪种（定远猪 77 头、皖南花猪 34 头、 皖南黑猪 15 头）和商品瘦肉猪（杜洛克×长白×大白，简称外三元）作为研究对 象，采集其小肠组织，提取 mRNA，并反转录成 cDNA，利用 3 条锚定引物和 6 条随机引物组成的 18 个引物对进行 DDRT-PCR 分析，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳 得到差显条带，经测序及 PCR 鉴定确证其中的差异 EST；对 EST 进行连锁群分 析及其 SNP 与猪种类型的关联分析。结果表明： 1. 共检测出 180 条 EST，其中地方猪种个体间差异 EST 为 6 条，外三元个 体间差异 EST 为 12 条，地方猪与外三元间差异 EST 为 8 条，其中存在 3 条特异 性明显的 EST（G24-300、G01-360 和 A12-340）。对 3 个 EST 进行表达分析表明， G24-300 在外三元中表达水平明显高于地方猪，而 G01-360 和 A12-340 在不同类 型猪间的表达量差异不明显。G24-300 位于猪的 2 号染色体，介于血清应答因子 绑定蛋白 1（SRFBP1）基因和上游基因线粒体铁蛋白（FTMT）基因之间，在 SRFBP1 基因下游还存在赖氨酰氧化酶（LOX）基因，形成 FTMT-G24- SRFBP1- LOX 连锁群。G01-360 位于猪的 13 号染色体，与嗅觉受体 1、3 基因（olfactory receptor 5K1、3-like）连锁。 2. 在猪基因组进行同源性分析显示，G24-300 未发现有同源序列，而 G01-360 在猪的多个染色体上发现有高同源性的区域（同源性均在 80%以上），其中与猪 13 号染色体的 3 个区域的同源性分别高达 99%、98%和 98%，G01-360 内存在一 个高度保守的 27bp 序列。 3. G24-300 未发现有 SNP 位点。G01-360 发现有 8 个 SNP 位点（T30C、A117G、 C149T、A157C、A161T、G273T、G282T 和 T294C），且 117bp 位点 和 161bp 位点为联合突变位点，当 117bp 位点出现纯合子 117AA 时，161bp 位点是纯合 子 161AA，当 117bp 出现杂合子 117AG 时，161bp 出现杂合子 161AT。149TT 和 149CC 的基因型频率在皖南黑猪和皖南花猪中均为 0，在定远猪中也比较低，分 别为 0.0612，0.0204；在外三元中出现频率较高，分别为 0.2567，0.2078。各位 点基因型频率在不同类型猪分布中存在差异，在地方猪品种间 T149C、A157C 和 T273G 三个位点差异不明显，但是与外三元存在显著或极其显著的差异，显 II II 示所发现的 SNPs 位点与猪种类型具有明显的关联性。 关键词：猪、小肠组织、EST、SNPs PAGE PAGE IV Abstract Pig’s small intestine is the important place of nutrient digestion and absorption, and shows specificity between two pig-types, Chinese native and introduced pig breeds. Researching the differential expression of genes in small intestine tissue between two pig-types is conducive to understanding of the genetic mechanism about the nutrients utilization. 125 pigs with body weight 85 kg from Anhui native breeds (Dingyuan, Wannanhua and Wannan black) and 77 pigs with body weight 100 kg from LLD (Large White × Landrace × Duroc) were selected, and slaughtered for the samples of pig small intestine tissue. The mRNAs extracted from the intestinal tissues of all pigs w