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番茄热激转录因子HSF家族系统进化分析 　　摘要：热激转录因子（heat Shock factors）普遍存在于整个生物界中，在调控植物生长发育以及对环境的响应中起重要作用。目前，已经对多个物种的HSF基因进行生物信息学分析，但未见对番茄中HSF基因家族的分析报道。通过番茄基因组数据库，鉴定和分析番茄HSF转录因子家族，获得24个HSF基因家族成员。多重序列比对发现番茄HSF基因具有保守的DBD结构域和广泛的保守基序。根据与拟南芥基因系统进化分析将这些基因分类，分成Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ支，又将1支分成A、B、C 3个亚支，并且存在5对旁系同源蛋白和10对直系同源蛋白。染色体分布和遗传分析结果表明，番茄HSF基因存在于10条染色体上，呈不均匀分布。 　　关键词：番茄；热激转录因子（HSF）；基因家族；生物信息学；系统进化 　　中图分类号：S641.203 文献标志码：A 文章编号：1002―1302（2016）01―0048―05 　　转录因子又称反式作用因子，其主要功能是激活或抑制基因的转录，在调控植物生长发育及对环境的响应中起重要作用。热转录因子（heat factor HSFs）是近年来在植物中发现的一类重要的转录因子，广泛分布于植物细胞内，在热胁迫响应基因的中心元件，在植物热胁迫信号转导以及耐热性调控中起着关键作用。热激转录因子（heat shock factor，HSF）在本质上是具有转录调节活性的蛋白质，植物遭受高温胁迫的时候热激基因迅速增加，导致热激蛋白快速累积，热激蛋白作为分子伴侣帮助相关蛋白重新折叠、组装、分配和降解，对受损蛋白进行修复起着极其重要的作用。热激转录因子是信号转导途径的末端组分，通过调节基因活性对热激和其他胁迫作出响应。这些经热激而活化的热激转录因子可以识别并特异性结合在热激蛋白（heat shock protein，HSP）基因启动子区热激元件（heat shock element，HSE）的保守基序上，从而调控热激蛋白基因的开启与关闭，诱导HSPs的转录，完成其相应的生物学功能。20世纪80年代，自研究者首次在酵母中克隆HSF基因以?恚?多种哺乳动物HSF基因相继被克隆。然而植物的第1个HSF基因是在番茄中克隆得到的，随着基因组测序工作的不断进行，在拟南芥和水稻中也克隆得到相应的HSFs基因，随后研究者在大豆，玉米等植物分别发现至少具有52，30个HSFs基因，由此可知，植物HSFs基因是一个大的基因家族，而且对植物耐热具有重要意义。 　　典型的热激转录因子一般包括4个部分：N端的DNA结合域（DNA binding domain，DBD）、寡聚化结构域（HR-A/B）、细胞核定位信号（nuclear localizationsignal，NLS）、细胞核输出信号（nuclear export signal，NES），少数还具有1个C端激活域（C-terminal activation domain，CTAD）。植物热激因子通过形成回文发卡结构，特异地结合高度保守的热激元件，从而控制热激蛋白的表达。根据保守DBD和HR-A/B区的结构特点，热激转录因子又可以分为A、B、C 3类。这3类基因主要区别表现为：B类基因HR-A/B结构域中A、B结构域之问只有7个氨基酸残基，在A类、C类中，除了这7个氨基酸，还分别有21个和7个氨基酸的插入；另外，CTAD和NES的结合区域是A类HSFs所特有的结构，B类、C类均不包含CTAD结构域。 　　番茄是一种重要的蔬菜作物，在夏季栽培或保护地生产中，高温是影响其产量和品质的主要非生物胁迫因素之一。番茄全基因组测序工作的完成，为其遗传育种及相关基因的生物功能鉴定提供重要的信息参考。本研究利用生物信息学方法，在番茄基因组数据库中搜索HSFs基因，分析这些基因的数量、序列特征、染色体定位以及进化关系等，研究结果不仅有助于鉴定番茄HSFs基因家族的功能，还可进一步为培育番茄耐热新品种提供理论基础和基因信息。 　　1材料与方法 　　1.1番茄bZIP家族成员的确定 　　从拟南芥基因组数据库TAIR（http：∥/）获得已经鉴定的21个拟南芥HSF蛋白序列，将其在番茄基因组数据库SGN（hnp：∥/）上进行同源性搜索，E值设定为1×10-10；以关键词“HSF在SGN数据库中进行搜索，合并2次搜索结果，去除重复，下载候选番茄HSF核苷酸序列、氨基酸序列及其内含子一外显子等信息。通过CELLO（http：∥.tw/）进行亚细胞定位分析。利用在线工具Pfam（http：∥/）和SMART（http：∥smart.embl-heidelberg.de/）对获得的候选番茄HSF蛋白家族成员的氨基酸序列进行保守HSF蛋白结构域预测。利用ExPASy Proteomic S