人全外显子测序结题报告.PDF

项目编号：************ 人全外显子测序结题报告 成都生命基线科技有限公司 Chengdu life baseline technology co., LTD 项目编号：************ 目录 一、分析方法3 1.1 全外显子组测序3 1.2 生物信息分析概述3 1.3 数据过滤4 1.4 比对4 1.5 InDels 附近区域的局部重比对4 1.6 碱基质量值校正(BQSR) 4 1.7 变异检测5 1.8 过滤变异结果5 1.9 变异结果注释与预测5 1.10 网络资源5 二、项目流程6 2.1 实验流程6 2.2 信息分析流程6 三、项目结果报告7 3.1 测序数据产出7 3.2 目标区域上的比对结果统计8 3.3 数据质控 10 3.4 SNP 结果 10 3.5 InDel 结果 11 四、参考文献 13 五、帮助 14 5.1 FASTQ 格式说明 14 5.2 比对结果格式说明 14 5.3 如何实现基因组变异可视化 15 5.4 如何选择用于验证的变异 15 5.5 如何寻找候选变异 15 5.6 交付目录及结果文件说明 16 5.7 如何解压缩文件 16 六、常见问题 17 2 成都生命基线科技有限公司 Chengdu life baseline technology co., LTD 项目编号：************ 一、分析方法 1.1 全外显子组测序 质量合格的基因组DNA 样品通过超声波高性能样品处理系统（Covaris ）随机打断成 主峰是200bp-300bp 左右的片段。随后进行DNA 片段末端修复，3’端加上“A”碱基，两端 加上文库接头。接头连接后的文库进行线性扩增（LM- PCR ）制备成杂交文库。取适量的 杂交文库与外显子芯片进行捕获富集，洗脱掉未富集的片段后进行扩增。扩增产物经 Agilent 2100 bioanalyzer 仪器（Agilent DNA 1000 Reagents ）和QPCR 质控，质控合格后即 可上机测序。我们使用Illumina HiSeq 系列平台，对每个合格的文库进行高通量测序，并保 证每个样品的数据量达标。测序得到的原始图像数据，经Illumina 碱基识别软件（Base Calling ）转化为原始序列数据（raw reads ），即双末端reads （paired-end reads ），数据 以 FASTQ 文件格式存储，称之为raw data 。 1.2 生物信息分析概述 信息分析从测序的下机数据（raw data ）开始。原始下机数据（raw data ）中会包含接 头（adapter ）序列、测序质量很低的碱基、未测出的碱基（以N 表示），这会对后续的信 息分析造成很大的干扰，因此，首先