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第十二章 分子进化; ○ 从原基因组到DNA基因组
最早出现的RNA生化系统称为原基因组(protogenome)。
从原基因组到DNA基因组最大的变化是,以酶蛋白代替酸性核酸的催化活性。
一般认为,折叠的多肽有柔韧可变性,RNA有大的刚性,酶蛋白的催化更有效。
原基因组失去催化功能而承担编码氨基酸功能,但磷酸二酯键不稳定。
U被A代替,DNA更稳定。双链DNA作为编码分子更合适。
最初的DNA基因组由多个DNA分子组成,每个DNA分子编码一种蛋白质,相当一个基因。; 二 基因组进化
生物形态进化伴同基因组进化。
○ 基因组复杂性表现在:一是基因数目增加;二是DNA序列种类的增加和结构的改变。
○ 基因数目增加的途径:一是现有基因全部或部分倍增;二是从其它物种获得。
○ DNA序列种类的增加和结构复杂化,涉及非编码序列、转座因子、内含子等的变化。;?; ;图12-2 不等交换产生重复和缺失;图12-3 人类α2基因的缺失;图12-4 珠蛋白基因的进化(1);图12-5 珠蛋白基因的进化(2);图12-6 珠蛋白基因的进化(3);;; (二)物种间基因转移
从其它物种获得基因是基因组进化的一个途经。
细菌通过质粒在物种间转移基因(抗性基因),但这一过程是可逆的,对基因组的永久性改变没太大的实质性作用。
细菌通过转化获得基因是基因组进化的一条途经。以发现细菌在物种间广泛存在基因互换。例如嗜高温菌与古细菌詹氏产甲烷球菌之间存在基因交换。
动物物种间可能通过反转录病毒和转座因子在物种间转移基因。; (三)外显子(结构域)混编
大部分的蛋白质由结构域组成,每个结构域由一段多核苷酸编码。
编码结构域的基因片段可能通过两个途径发生重排,产生具有新功能的基因。
结构域倍增 如果能产生有利的效应,这种产生重复结构域的基因就会保留下来。
结构域混编 混编是基因组重排的一种形式。由不同基因的结构域编码序列相互连接而生成全新的编码序列,从而产生一种杂合蛋白质或嵌合蛋白质,可能赋予细胞全新的生物学功能。;图12-7 蛋白质的结构域;图12-8 结构域倍增;图12-9 结构域混编; 结构域的编码序列就是基因的外显子,外显子混编的结果就是结构域混编。
转座子的转座作用,可以启动外显子混编。
图12-10说明
A基因的内含子中有两个相似的转座因子,转座酶将A基因的一个外显子连同两侧内含子的部分序列切割下来,插入B基因,完成外显子混编产生新基因。
?;图12-10 外显子混编;图12-11 组织纤溶原基因外显子的来源; 图12-11 说明
组织纤溶原激活因子(TPA)具有同血纤蛋白凝块结合的功能,TPA基因有四个外显子:
第一外显子编码“指状”调控元件,使TPA与血纤蛋白结合以激活TPA。这个外显子来源于血纤连结蛋白基因,该蛋白也是与血纤蛋白结合的。
第二外显子来源于表皮生长因子基因编码的生长因子结构域的DNA序列,使TPA能刺激细胞增殖。
第三、四外显子编码“Kringle”结构,来源于纤溶原蛋白基因。 ; (四)非编码序列的进化
以上讨论基因组中编码序列的进化,接着讨论非编码序列的进化,这也是基因组进化的一个重要方面。
非编码序列可以通过上述形式增加数量,而且这些序列可以积累变异而不影响生物体的生存。
非编码序列中有大量的微卫星序列。其进化可从二聚微卫星DNA开始,通过重复、突变等方式进化。
?;图12-12 二聚微卫星DNA的重复; 灵长类珠蛋白假基因的DNA序列比较研究,支持上述微卫星DNA起源的假说。
猩猩、长臂猿
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大猩猩、倭黑猩猩、黑猩猩
5 —ATGTATGT—3
扩增
—ATGT
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