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利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践 第23卷第6期 2003年11月 孝感学院 JOURNAIOFXIAOGANUN1VERSITY VOL.23NO.6 NOV.2003 利用NCBI相关资源电子定位基因的方法和实践 李建华，陈锦华 (孝感学院生命科学技术学院，湖北孝感432000) :介绍了在NCBI上与电子定位基因有关的主要生物信息学资源，以人胰核糖 核酸酶基因为例，探 讨了运用生物信息学在NCBI中电子定位基因的几种方法. 关键词:NCBI;棊因;电子定位 :Q78 :A :1671--2544(2003)06 — 0057 — o3 被称为基因组解剖学的基因定位，是遗传学 研宄中的重要环节[1].基因位罝的确定有助于了 解基因的功能.在转基因技术的研宄中，基因定 位是确定供体基因在受体染色体整合位置的必要 手段.近年来，随着生物信息资源的日益丰富和 生物信息学的快速发展，使一种新的定位基因的 方式一一电子定位基因成为可能. 1NCBI上的生物学资源 棊因定位(genelocation)是指用一定的:疗法 将目的基因确定到染色体的实际位置上.基因的 电子定位是指利用H益丰富的生物信息学资源， 运用生物信息学的方法，将目的基因确定到染色 体的实际位置上］. 1.1NCBI 简介［3 NCBI( .)是美 家生物技术信息中心(Nationalcenterofbio— technologyinformation)，创建于 1988 年，其宗 n 是开发和研究各种服务于生物医学领域的自动信 息存取系统1.NCBI管理着包括GeneBank， OMIM，MMDB，RefSeq，UniGene，dbSNP 等多种 大型生物学数据库，并且提供了多种数据库查询 工具，以及多种数据库分析资源.是国际互联网 上最大的生物学数据库之一.NCBI与设在美国 国立卫生研宄院(N1H)内的国家医学图书馆联 合，提供近4000种有关生物医学方面的文献检索 服务(其中有相当部分提供全文下载服务).此 外，NCBI还提供大量免费软件如Blast，ORF等 的卜载服务. 1.2NCBI上常用的生物学资源 NCBI由七个部分组成［引:1)数据库检索工只 (Entrez,TheTaxonomyBrowser,LocusIink, TheQUERYEmailserver);2)序列相似性搜索 程序BIAST家族;3)基因水平序列资源(Uni— Oene,Refseqdatabase,dbSNP,ORFFinder,E— lectronicPCR);4)染色体序列资源;5)基因组分 析资源(EntrezGenomes，COGs，反转录病毒基因 型分析工具;6)基因表达及表型分析资源;7)分子 模拟数据库.其屮可用于电子定位基因的生物学 资源主要有以下几种. 1.2.1GenBank数据库GenBank数据库由17 个子库组成，存有超过105000个不同的生物体的 核苻酸序列，每条Genbank数据记录包含了对序列 的简要描述，它的科学命名，物种分类名称，参考文 献，序列特征表，以及序列木身的碱基组成. 此外，NCBI还提供广泛的数据查询，序列相 似性搜索以及其它分析服务. 1.2.2EST数据库对cDNA文库克隆的随机 :2003 — 06—11 :李建华(1969 —)，男，湖北孝感人，孝感学院生科院讲师. 57— 李建华，陈锦华 测序所得到的两端各200—400bp左右的序列被称 为表达序列标记(EST).在GeneBank等的EST 数据库(dbEST)中有存有包括人，鼠，?十?，猪，狗， 线虫，水稻，果蝇等的大量的EST序列. l_2.3UniGene数据库UniGene序列是指被 整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代 表一种特定已知的或假设的基因，有定位图和表 达信息以及同其它资源的交叉参考.UNiGene 数据库是将GenBank屮的序列白动分隔成无冗 余基因簇的实验性系统.UniGene数据库是一种 含有标记和序列标签位点(STS)序列信息的 NBCI资源. 由于绝大部分STS序列是由EST序列转化 而成，可用EST序列，通过电子PCR技术，在 STS数据库(dbSTS)中定位基因，寻找新基因以 及获得全基因序列等. 1_2.4电子PCR（E-PCR）电子PCR是用两 段引物序列与STS数据库比较，以寻找一段核昔 酸序列中有无STS序列，它可以帮助我们确认基 因及基因作图.将一个查询序列同己经定位的 STSs比较，来发现查询序列的可能的图谱定位. E_PCR通过査找在R的DNA序列中与定位标记 的PCR引物非常吻合的子序列来找到STSs.这 个子序列一定要有正确的顺序，方向，和间隔，以 至他们可以合理的启动一个扩增出正