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/sprot/ Protein database /prosite/ 這是一個以蛋白質功能為分類基準的資料庫， 資料庫內的 資料包括了蛋白質的生化功能 、來源、活性區域、胺基酸序列的一致性模式 (consensus pattern) /ch2d/ 收集蛋白質在二維電泳膠片上特定位置的資料庫 /enzyme/ ENZYME這個資料庫的資料有，酵素所催化的生化反應方程式、 酵素所需要的輔助因子(cofactor)、酵素在Boehringer Mannheim 所提供的生化新 陳代謝圖中的位置 /pdb/home/home.do OTHER-TYPE DATABASES Signaling Pathway Database Reference ……….. ……….. http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/ GeneCards /genes/allPathways.asp BIOCARTA http://www.genome.jp/kegg/ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/spad// Signaling Pathway Database /cgi/content/full/35/suppl_1/D3/DC1 2007 Database search Text search (Key word) NCBI (Entrez; /sites/gquery) EBI (SRS; http://srs6.ebi.ac.uk/ ) 由於目前的Entrez 介面提供整個Entrez 資料庫的搜尋結果，所以使用者不需定義特定資料庫。在使用SRS 時就需注意定義特定資料庫，再進行搜尋。  Sequence search NCBI (BLAST; /blast/ ) EBI (Fasta; http://www.ebi.ac.uk/fasta33/index.html ) 試以 Fibroblast growth factor 9 “ FGF9” 為keyword，練習由NCBI提供的Entrez 或由EBI 提供的 SRS 來搜尋文獻、核酸及蛋白質資料庫。 練習一 Tryptophan hydroxylase 2（TPH2）是大腦製造血清素的速率限制脢，請試著找出： 1. 人類TPH2 gene 位於那一條chromosome上？其physical map 的位置 約在多少Megabase(Mb)處？ 2.找出一篇描述 TPH2 function有關的paper ，寫下作者、期刊名、卷號、頁數和出版年份。 3.利用NCBI上現有的電子書，找出那一本書上的那個章節有講述TPH2的相關資訊。 4.利用NCBI (Entrez 及 BLAST) 或 EBI (SRS 及 FASTA)的系統,找出人類 TPH2 mRNA or cDNA 序列並利用此序列進行蛋白質資料庫搜尋。顯示最好的50筆資料 。 作業一 序列分析比對 Sequence comparison 為什麼需要序列分析比對? 比較序列間相似程度 找出一些基因規則 找出親緣基因的同緣區域 序列比對指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線「-」表示）。對應的相同或相似的符號（在核酸中是A, T（或U）, C, G，在蛋白質中是胺基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。 為什麼需要序列分析比對? 比較序列間相似程度 找出一些基因規則 找出親緣基因的同緣區域 序列比對指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線「-」表示）。對應的相同或相似的符號（在核酸中是A, T（或U）, C, G，在蛋白質中是胺基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。 序列並列比對的種類 Global vs. Local alignment 序列並列比對的種類 常用的序列比對方法 一般 Global Alignment 採用Needleman-Wunsch algorithm的演算法，是一種利用動態規劃法則（dynamic programming）所開發出來的方法。 一般Local Alignment採用Smith-Waterman 的演算法， 也是利用dynamic programming所開發出來的方法。 在相似度高的片段， Global和Local Alignment得到的結果差不多。 資料庫搜尋多利用Local Alignment， Smith-Waterman最先發展出來， 靈敏度最高但因計算量大， 故最耗時間。FASTA發展較晚，計算速度就比Sm