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单分子动力学研究大肠杆菌单链结合蛋白与单链DNA的-物理学报
单分子动力学研究大肠杆菌单链结合蛋白与单链DNA的结合过程
陆越 马建兵 滕翠娟 陆颖 李明 徐春华
Bindingprocessbetween SSBandssDNAbysingle-moleculedynamics
LuYue MaJian-Bing TengCui-Juan LuYing LiMing Xu Chun-Hua
引用信息Citation: ActaPhysicaSinica, ,088201(2018) DOI: 10.7498/aps.67
在线阅读Viewonline: /10.7498/aps.67
当期内容Viewtableofcontents: /CN/Y2018/V67/I8
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物理学报 Acta Phys. Sin. Vol. 67, No. 8 (2018) 088201
单分子动力学研究大肠杆菌单链结合蛋白与单链
DNA 的结合过程
陆越 马建兵 滕翠娟 陆颖 李明 徐春华
1) (中国科学院物理研究所, 北京凝聚态物理国家研究中心, 北京 100190)
2) (中国科学院大学物理科学学院, 北京 100049)
( 2018 年1 月16 日收到; 2018 年2 月6 日收到修改稿)
大肠杆菌单链结合蛋白(E. coli SSB) 具有与单链DNA (single-stranded DNA, ssDNA) 结合的性质, 起
着保护ssDNA 及引导相关蛋白质反应的重要作用, 然而, 它与ssDNA 的结合过程及其细节尚未得到确定的
研究结果. 本文采用单分子磁镊对E. coli SSB/ssDNA 复合体进行拉力测试, 并采用单分子化学反应动力学
方法对测试结果进行分析. 研究发现: E. coli SSB 在ssDNA 上的结合过程分为两个不同的阶段, 一个是在临
界力下快速的结合缠绕阶段, 一个是随着力的进一步减小逐步缠绕的阶段. 从中得到了E. coli SSB 与ssDNA
的化学反应系数, 并得到了相应的自由能参数. 采用自由能校准的方法, 得到了SSB 与ssDNA 结合的完整自
由能曲线, 从而揭示了E. coli SSB 与ssDNA 的结合特征. 本文的分析方法也可以应用于相似的化学反应的
研究中.
关键词: 单分子动力学, 单链
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