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DGGE生物工程
综述题目:
DGGE/TGGE技术的原理及应用
DGGE/TGGE技术的原理及应用
摘要
DGGE技术最先由Fischer和Lerman于1979年提出,是用于检测DNA突变的一种电泳技术。它的分辨精度比琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳更高,可以检测到一个核苷酸水平的差异。随后发展为其衍生技术TGGE。这两种技术在研究微生物类群的多样性、环境中微生物变化的动态监测、发现新的微生物、功能基因多样性的研究中重要的贡献。文章对DGGE/TGGE技术原理与操作过程、在生态学中的应用以及它的优、缺点进行了综述。
关键词: 变性梯度凝胶电泳; 温度梯度凝胶电泳;原理;操作过程;应用;缺陷及优化
Abstract
Denaturing temperature gradient gelelectrophoresis(DGGE)was first put forward by Fischer and Lerman in 1979.This technology is used to detect mutation of the gene and its distinguishability is higher than agarose gel electrophoresis and polyacrylamide gel electrophoresis(PAGE).Later it develop to a technology called TGGE.These two technologies is very importance in the studies of microbial diversity ,dynamic monitoring of the change in environment microbial and detect new microbial.This review summarizes the theory and operating procedure in DGGE and TGGE and introduces its application ,its defects and how to optimize the procedure.
Key Words: Denaturing temperature gradient gelelectrophoresis ; temperaturegradient gelelectrophoresis ; the theory;
operating procedure ; application;defects and optimize
1.1 变性梯度凝胶电泳、温度梯度凝胶电泳基本原理
1.11发展历史
DGGE技术是由Fischer和Lerman于1979年最先提出的用于检测DNA突变的一种电泳技术。它的分辨精度比琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳更高,可以检测到一个核苷酸水平的差异。Muyzer[1] 等人在 1993 年首次将其应用于微生物群落结构研究。后来又发展出其衍生技术,温度梯度凝胶电泳(temperature gradient gelelectrophoresis,TGGE)。此后十年间,该技术被广泛用于微生物分子生态学研究的各个领域,目前已经发展成为研究微生物群落结构的主要分子生物学方法之一。
1.12基本原理
双链 DNA 分子在一般的聚丙烯酰胺凝胶电泳时,其迁移行为决定于其分子大小和电荷。不同长度的DNA 片段能够被区分开,但同样长度的 DNA 片段在胶中的迁移行为一样,因此不能被区分。DGGE/TGGE技术在一般的聚丙烯酰胺凝胶基础上,加入了变性剂(尿素和甲酰胺)梯度或是温度梯度,从而能够把同样长度但序列不同的 DNA 片段区分开来。一个特定的 DNA 片段有其特有的序列组成,其序列组成决定了其解链区域(melting domain, MD)和解链行为(melting behavior) 。一个几百个碱基对的 DNA 片段一般有几个解链区域,每个解链区域有一段连续的碱基对组成。当温度逐渐升高(或是变性剂浓度逐渐增加)达
到其最低的解链区域温度时,该区域这一段连续的碱基对发生解链。当温度再高依次达到各其他解链区域温度时,这些区域也依次发生解链。直到温度达到最高的解链区域温度后,最高的解链区域也发生解链,从而双链 DNA 完全解链。不同的双链 DNA 片段因为其序列组成不一样,所以其解链区域及各解链区域的解链温度也是不一样的。当它们进行 DGGE/TGGE 时,一开始温度(或变性剂浓度)比较小,不能使双链 DNA 片段最低的解链区域解链,此时DNA 片段的迁移行为和在一般的聚丙烯酰胺凝胶中一样。然而一旦 DNA 片段迁移到一特定位置,其温度(或变
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