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蛋白质凝胶图像消噪技术研究-信号与信息处理专业论文

独 创 声 明 本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研 究成果。据我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人 已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得 (注:如没有其 他需要特别声明的,本栏可空)或其他教育机构的学位或证书使用过的材料。与我 一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢 意。 学位论文作者签名: 导师签字: 学 位 论 文 版 权 使 用 授 权 书 本学位论文作者完全了解 学校 有关保留、使用学位论文的规定,有权保留 并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和磁盘,允许论文被查阅和借阅。本人 授权 学校 可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索,可以采用 影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。(保密的学位论文在解密后适 用本授权书) 学位论文作者签名: 导师签字: 签字日期:201 年 月 日 签字日期:201 年 月 日 山东 山东师范大学硕士学位论文 山 山东师范大学硕士学位论文 目录 摘要 i Abstract iii 第一章 绪论 1 1.1 课题背景及意义 1 1.2 国内外研究现状 2 1.3 论文的研究工作及内容安排 4 1.4 本章小结 6 第二章 双向凝胶电泳图像 7 2.1 双向凝胶电泳技术 7 2.1.1 双向凝胶电泳技术简介 7 2.1.2 双向凝胶电泳技术在蛋白质组学中的作用 8 2.2 双向凝胶电泳图像的获得 8 2.3 凝胶电泳图像的计算机分析 9 2.3.1 图像采集 9 2.3.2 图像预处理 10 2.3.3 蛋白点检测及定量 10 2.3.4 凝胶匹配及数据的分析解释 10 2.4 本章小结 11 第三章 凝胶图像传统消噪方法比较研究 13 3.1 常见噪声类型 13 3.2 传统消噪方法 13 3.2.1 均值滤波 14 3.2.2 高斯滤波 15 3.2.3 中值滤波 16 3.2.4 维纳滤波 18 3.3 小波变换 19 3.3.1 离散小波变换 20 3.3.2 小波阈值去噪 22 3.3.3 常见阈值 23 3.3.4 常用小波基25 3.3.5 小波逆变换25 3.3.6 实验结果与分析25 3.4 图像质量评价26 3.4.1 主观评价26 3.4.2 客观评价26 3.5 本章小结27 第四章 Translation Invariant 去噪 29 HYPERLINK \l _TOC_250000 4.1 Translation Invariant 去噪原理 29 4.2 TI 去噪实验结果与分析 30 4.3 最佳移位39 4.4 本章小结42 第五章 结合小波变换的偏微分去噪43 5.1 偏微分去噪43 5.1.1 各向异性的 P-M 扩散方程 44 5.1.2 各向异性扩散的原理44 5.1.3 各向异性的 TV 扩散方程原理 46 5.2 偏微分去噪实验结果及分析50 5.3 结合小波变换的偏微分去噪52 5.4 WTTV 实验结果与分析 53 5.5 本章小结56 第六章 改进的非局部均值算法59 NL-means 算法 59 改进的 NL-means 算法 60 6.3 相关参数61 6.3.1 相似窗口61 6.3.2 搜索窗口63 6.3.3 滤波器参数65 6.4 实验结果与分析66 6.5 本章小结70 第七章 总结与展望 71 参考文献 73 攻读硕士学位期间科研工作 79 致谢 81 蛋白质凝胶图像消噪技术研究 摘要 双向凝胶电泳技术是蛋白质组学研究的核心技术,对于推动蛋白质组学的发展 发挥了重要作用。蛋白质双向凝胶电泳图像是根据蛋白质等电点和相对分子量的不 同把蛋白质在一块凝胶上以点状的形式分离开来。由于数据量庞大,基于计算机的 蛋白质凝胶图像分析是蛋白质组学分析的关键步骤。凝胶图像计算机分析主要包括: 图像预处理(噪声去除、背景校正等)、蛋白点检测及定量、凝胶匹配等,其中噪声 去除是凝胶图像分析的第一步也是非常重要的一步。有效的噪声去除可以防止对图 像背景的过估计,帮助提取微弱但又非常重要的蛋白点;可以减少伪影(即假的蛋 白点)的产生,提高蛋白点检测的可靠性;还能更精确地估计蛋白点的信息,如蛋 白点的体积等。本论文主要针对凝胶图像的消噪技术进行研究。 凝胶图像的空域滤波,概念简单,计算效率高,但会导致图像模糊甚至失真严 重;利用小波去噪无论是在图像质量上还是在 PSNR 值上都优于空域滤波,但是小 波在不连续点周围容易产生伪吉布斯现象。本论文采用平移不变量去噪(Translation I

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