生物信息在分子诊断中的应用.ppt

第四节 生物信息数据库 二、数据库检索工具 图16-1: NCBI网页的Entrez界面 第五节 核酸序列分析 核酸序列的基本分析 核酸序列的比对分析和功能预测 开放阅读框的分析 引物设计 向数据库提交序列 第五节 核酸序列分析 一、核酸序列的基本分析 核酸序列的分子量、碱基组成、碱基分布等基本分析： BioEdit (/BioEdit/bioedit.html) ★DNAMAN (/) 限制性酶切分析 ：限制性酶数据库(Restriction Enzyme DataBase,REBASE) ( ; ★ /rebase) 测序峰图的查看、核实与修改 :Chromas,BioEdit,DNAMAN 测序结果需要识别与去除测序时使用的载体序列 ： VecScreen ( /VecScreen.html) 第五节 核酸序列分析 一、核酸序列的基本分析 EST序列进行电子延伸 ： 将待分析的核酸序列（称为种子序列）采用Blast软件 搜索GenBank的EST数据库，获得与种子序列有较高 同源性的EST序列，一般要求在重叠40个碱基范围内 有95％以上的同源性，称匹配序列； 将匹配序列与种子序列装配成新序列，即片段重叠 群分析(contig analysis)； 再以新产生的序列为种子序列，重复上述过程，直 至没有新的匹配序列为止。 EST序列进行电子延伸 种子序列 第五节 核酸序列分析 一、核酸序列的基本分析 对核酸序列进行电子基因定位 ： 利用序列标签位点(Sequence Tagged Site, STS); 利用UniGene数据库进行基因电子定位; 直接利用基因组序列进行基因电子定位。 ★ NCBI网页的Map Viewer界面 核酸的6个读框 核酸的6个读框 TBLASTX 核酸的6个读框 蛋白质 TBLASTN 蛋白质 核酸的六读框 BLASTX 蛋白质 蛋白质 BLASTP 核酸 核酸 BLASTN 搜索的数据库 查询序列 程序名称 第五节 核酸序列分析 二、核酸序列的比对分析和功能预测 BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）是 基本局域联配搜索工具；Blast 功能有： NCBI网页的BLAST界面 NCBI网页的BLAST2 SEQUENCES界面 第五节 核酸序列分析 二、核酸序列的比对分析和功能预测 FASTA：根据用户提交的单个序列进行 数据库搜索比对的程序。 网上服务器和电子邮件服务： http://www.ebi.ac.uk/ mailto: fasta@ebi.ac.uk http://www.fasta.genome.ad.jp mailto: fasta@nig.ac.jp 第五节 核酸序列分析 二、核酸序列的比对分析和功能预测 进行多序列联配 ： ClustalW: http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html， /soft/molbio/align/clustal/， ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/dos/clustalw。 ClustalX: CluastalW程序的UNIX版本，它使用X窗口图形界面， ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software ftp://ftp-igbmc.u-strassbg.fr/pub/clustalX。 对联配结果进一步编辑，形成适于发表的形式，可用的软件有： SeaView: ftp://biom3.univ-lyon1.fr BOXSHADE: /software/box_form.html) CINEMA: http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/cinema2.1/cinema2hdr.html 第五节 核酸序列分析 三、开读框的分析 GT-AG法则：外显子与内含子之间的连接区序列高度保守， 如大部分内含子5’端起始的两个碱基是GT，3’端最后两个 碱基是AG。 基因识别软件，常用的有： ★ORF Finder (/gorf/gorf.html ) GRAIL (/grainbin/ ) GeneFinder (http://genomic.sanger.ac.uk ) Glimmer (/labs/compbio/glimmer.html/ ) GenScan (/genscan.html