用LBM计算沟槽形状边界Couette流-山东大学学报理学版.PDF

　第４７卷　第１２期 山　东　大　学　学　报　（理　学　版） ２０１２年１２月　 　　　　　 　Ｖｏｌ．４７　 Ｎｏ．１２　　　　　ＪｏｕｒｎａｌｏｆＳｈａｎｄｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＮａｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅ） Ｄｅｃ．２０１２　 　文章编号：１６７１９３５２（２０１２）１２００５７０７　　　ＤＯＩ：１０．６０４０／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７１９３５２．２０１２．１２．０１２ ＲＮＡ折叠中的最大公共嵌套子图 １ ２ ２ 刘国栋 ，王振佳 ，刘丙强 （１．山东科技大学济南校区人力资源部，山东 济南２５００３１； ２．山东大学数学学院，山东 济南２５０１００） 摘要：在嵌套线状图模型中，寻找ｎｃＲＮＡ联配的最大公共二次结构，实际就是寻找其序列导出线状图的最大公共 嵌套线状子图。通过对模型的简化，证明该问题在伪平嵌套线状图的情形下是ＮＰ完全的，并给出求最大水平嵌 套线状子图的近似算法。 关键词：线状图；嵌套；整子图；子序列；ＮＰ完全 中图分类号：Ｏ１５７６　　　文献标志码：Ａ ＴｈｅｌａｒｇｅｓｔｃｏｍｍｏｎｎｅｓｔｅｄｓｕｂｇｒａｐｈｉｎＲＮＡｆｏｌｄｉｎｇ １ ２ ２ ＬＩＵＧｕｏｄｏｎｇ，ＷＡＮＧＺｈｅｎｊｉａ，ＬＩＵＢｉｎｇｑｉａｎｇ （１．ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＨｕｍａｎＲｅｓｏｕｒｃｅｓ，ＳｈａｎｄｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ＪｉｎａｎＣａｍｐｕｓ，Ｊｉｎａｎ２５００３１，Ｓｈａｎｄｏｎｇ，Ｃｈｉｎａ； ２．ＳｃｈｏｏｌｏｆＭａｔｈｅｍａｔｉｃｓ，ＳｈａｎｄｏｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｊｉｎａｎ２５０１００，Ｓｈａｎｄｏｎｇ，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＩｎｔｈｅＮｅｓｔｅｄＬｉｎｅａｒＧｒａｐｈｍｏｄｅｌ，ｔｈｅｐｒｏｂｌｅｍｏｆｆｉｎｄｉｎｇｔｈｅｌａｒｇｅｓｔｃｏｍｍｏｎｓｅｃｏｎｄａｒｙｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｍｕｌｔｉ ｐｌｅｎｃＲＮＡａｌｉｇｎｍｅｎｔｉｓｐｒｅｃｉｓｅｌｙｔｈｅｐｒｏｂｌｅｍｏｆｆｉｎｄｉｎｇｔｈｅｌａｒｇｅｓｔｃｏｍｍｏｎｎｅｓｔｅｄｌｉｎｅａｒｓｕｂｇｒａｐｈ．Ｂｙｓｉｍｐｌｉｆｙｉｎｇｔｈｅ ｍｏｄｅｌ，ｉｔｉｓｐｒｏｖｅｎｔｈａｔｔｈｉｓｐｒｏｂｌｅｍｉｓＮＰＣｏｍｐｌｅｔｅｉｎｔｈｅｃｏｎｄｉｔｉｏｎｏｆｐｓｅｕｄｏｆｌａｔｎｅｓｔｅｄｌｉｎｅａｒｇｒａｐｈ，ａｎｄａｎａｐｐｒｏｘ ｉｍａｔｅａｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒｔｈｅｌａｒｇｅｓｔｌｅｖｅｌｎｅｓｔｅｄｌｉｎｅａｒｓｕｂｇｒａｐｈｉｓｇｉｖｅｎ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｌｉｎｅａｒｇｒａｐｈ；ｎｅｓｔｅｄ；ｉｎｔｅｇｒａｌｓｕｂｇｒａｐｈ；ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｃｅ；ＮＰＣｏｍｐｌｅｔｅ １　ＲＮＡ折叠问题 ＲＮＡ是由四种核苷酸组成的聚合物。不同于组成ＤＮＡ的｛Ａ，Ｃ，Ｇ，Ｔ｝，组成 ＲＮＡ的四种核苷酸为 ｛Ａ（ａｄｅｎｉｎｅ），Ｃ（ｃｙｔｏｓｉｎｅ），Ｇ（ｇｕａｎｉｎｅ），Ｕ（ｕｒａｃｉｌ）｝。本文中主要考虑的是非编码ＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）。与一 般的基因不同，非编码基因并不会直接转化成蛋白质，而是折叠成具有一系列催化作用、限制作用的二次结 ［１２］ 构来完成它的生物学功能 。另外，ｎｃＲＮＡ也是未来药物设计的主要原料，所以对它的深入研究对生物医 学的发展也有着重要的价值［３］。基于此，本文研究了ｎｃＲＮＡ最大公共二次结构问题，给出了相关的算法和 复杂性证明。需要指出的是，虽然本