火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸-华南农业大学学报.PDF

　华南农业大学学报　２０１６，３７（１）：７５８１ ｈｔｔｐ： ｘｕｅｂａｏ．ｓｃａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ ∥ 　　　　　　　　　　 　ＪｏｕｒｎａｌｏｆＳｏｕｔｈＣｈｉｎａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｄｏｉ：１０．７６７１／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１４１１Ｘ．２０１６．０１．０１３　 杨会肖，刘天颐，徐　斌，等．火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析［Ｊ］．华南农业大学学报，２０１６，３７（１）：７５８１． 火炬松生长和松脂性状相关候选基因的 单核苷酸多样性分析 １，２ ２ １ ２ ３ ２ 杨会肖 ，刘天颐 ，徐　斌 ，刘纯鑫 ，王金榜 ，黄少伟 （１广东省林业科学研究院，广东广州５１０５２０；２广东省森林植物种质创新与利用重点实验室／华南农业大学 林学与风景园林学院，广东广州５１０６４２；３英德市林业科学研究所，广东英德５１３０００） 摘要：【目的】对火炬松Ｐｉｎｕｓｔａｅｄａ生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性（Ｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ， ＳＮＰ）位点进行筛选与分析，为分子标记辅助育种提供技术基础。【方法】利用生物信息学对火炬松ｃＤＮＡ文库进 行整理、比对、剪接、注释，挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因（Ｕｎｉｇｅｎｅ）作为 候选基因片段，利用ＭＥＧＡ５０和ＤｎａＳＰ４０软件对火炬松３６个单株的８个候选基因片段进行序列比对和分析。 【结果】所测序列总长为５１７７ｂｐ，检测到１８４个 ＳＮＰ位点，平均３６９ｂｐ的基因序列中出现１个 ＳＮＰ位点，其中 １２３个为非同义突变、６１个为同义突变ＳＮＰ位点。核苷酸多态性 和 分别为００２０和００１６。对８个候选基 π θ ａ ｗ 因片段内ＳＮＰ位点进行的连锁不平衡分析显示，随着核苷酸序列长度的延伸，ＳＮＰ位点的连锁不平衡在基因内部 ２ 迅速衰退（Ｒ ０２）。【结论】在火炬松中，基于候选基因内ＳＮＰ位点间的连锁不平衡作图是可行的。 ≤ 关键词：火炬松；候选基因；单核苷酸多态性；连锁不平衡 中图分类号：Ｓ７２２３　　　　　　文献标志码：Ａ　　　　　文章编号：１００１４１１Ｘ（２０１６）０１００７５０７ Ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｓｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓｗｉｔｈｉｎｃａｎｄｉｄａｔｅｇｅｎｅｓ ｉｎｖｏｌｖｅｄｉｎｇｒｏｗｔｈａｎｄｒｅｓｉｎｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓｏｆｌｏｂｌｏｌｌｙｐｉｎｅ １，２ ２ １ ２ ３ ２ ＹＡＮＧＨｕｉｘｉａｏ ，ＬＩＵＴｉａｎｙｉ，ＸＵＢｉｎ，ＬＩＵＣｈｕｎｘｉｎ，ＷＡＮＧＪｉｎｂａｎｇ，ＨＵＡＮＧＳｈａｏｗｅｉ （１ＧｕａｎｇｄｏｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０５２０，Ｃｈｉｎａ；２ＧｕａｎｇｄｏｎｇＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｆｏｒＩｎｎｏｖａｔｉｖｅＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄ ＵｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆＦｏｒｅｓｔＰｌａｎｔＧｅｒｍｐｌａｓｍ／ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙａｎｄＬａｎｄｓｃａｐｅＡｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ，ＳｏｕｔｈＣｈｉｎａ ＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｕａｎｇｚｈｏｕ５１０６４２，Ｃｈｉｎａ；３ＹｉｎｇｄｅＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＦｏｒｅｓｔｒｙ，Ｙ