基于atpF-atpH序列的稻属植物鉴定.PDFVIP

中国农学通报 2012,28(24): 173-178 Chinese Agricultural Science Bulletin 基于atpF-atpH 序列的稻属植物鉴定 1 1 1 1 2 3 3 许 瑾 ，徐 涛 ，宋 云 ，李明福 ，张万霞 ，白 松 ，杨 碧 1 2 （中国检验检疫科学研究院动植物检疫所，北京100029；中国农业科学院作物科学研究所，北京100081； 3 云南出入境检验检疫局，昆明650228） 摘 要：为从分子水平上鉴定稻属，对稻属9 种32 份植物材料DNA 条形码基因atpF-atpH 进行PCR 扩增 并对PCR 扩增产物测序，以近缘种植物为外类群建立系统进化树及序列差异分析，设计了鉴定稻属的 特异性引物。结果表明，atpF-atpH 扩增产物为1条500 bp 左右的目标条带，对于供试的稻属材料，扩增 效率和测序成功率均达到100% ，应用该特异性引物对稻属材料进行扩增，均获得与预期大小一致的 113 bp 特异性目的片段，而对非稻属材料的扩增结果均呈阴性。经序列差异分析，稻属植物在UPGMA 聚类树上聚成一个单系类群，节点支持率为97% ，显示atpF-atpH 序列可用于稻属的分类鉴定。这说明 在条码基因差异位点分析的基础上，设计特异分子标记可用于稻属的鉴定，为珍贵物种的口岸鉴定提供 了检测方法。 关键词：atpF-atpH ；稻属；DNA 测序；分子鉴定 中图分类号：S511 ，Q94 文献标志码：A 论文编号：2011-3347 Identification of Oryza Species Based on atpF-atpH Sequence 1 1 1 1 2 3 3 XuJin,XuTao,SongYun,LiMingfu,ZhangWanxia,BaiSong,YangBi (InstituteofAnimalandPlantQuarantine,ChineseAcademyofInspectionandQuarantine,Beijing100029;1 2InstituteofCropGermplasmResource,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing100081; 3YunnanEntry-ExitinspectionandQuarantineBureau,Kunming650228) Abstract: Inordertoidentify Oryza speciesatthemolecularlevel,atotalninespeciesofthirty-twoplant materials were amplified the barcode gene atpF-atpH and sequenced the PCR products. Comparative sequencing ofthe atpF-atpH genewascarriedoutinordertodesignspecificprimersfor Oryza species.A phylogenetictreewhichrelatedspecieswasoutgroupwascreated.Theresultswereasfollows:TheatpF-atpH PCRproductwasabout500bptargetfragment.Efficiencyof