基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发.PDFVIP

中国农学通报 2018,34(36):58-64 Chinese Agricultural Science Bulletin 基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发 杨 光，孙兰英，李鹏举，段亚东 （黑龙江省农业科学院浆果研究所，黑龙江绥棱152204） 摘 要：为分析树莓群体的遗传进化关系，开发特异性SNP 标记。选用23 个栽培种树莓以用SLAF-seq 技术测序，从树莓全基因组范围开发SNP 位点，以黑树莓基因组为参考基因组，通过生物信息学分析进 行电子酶切预测，筛选特异长度的DNA 片断，构建SLAF-seq 文库。通过高通量测序的方式获得海量序 列标签，利用软件分析比对，获得多态性SLAF 标签，进而开发大量特异性SNP 位点。对照水稻的测序 数据与参考基因组比对结果，双端比对效率为95.60% ，酶切效率为93.52% ，说明SLAF 建库正常。通过 测序共产生59.93 Mb 的读长数据，测序质量值Q30 平均为95.07% ，所有样品GC 含量均值为39.16% ， GC 含量普遍不高，说明达到测序要求。本研究共获得425402 个SLAF 标签，其中多态性的SLAF 标签 共有121610 个。获得749811 个有效单核苷酸多态(SNP) ，利用这些SNP 分析了23 个树莓种质的群体结 构与系统发生树。利用简化基因组测序技术SLAF-seq 可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体 遗传结构分析的SNP 标记。 关键词：树莓；SLAF-seq；高通量测序；分子标记；SNP 位点 中图分类号：S663.2 文献标志码：A 论文编号：cas SNPSitesDevelopmentBasedonSLAF-seqTechnologyinRaspberry YangGuang,SunLanying,LiPengju,DuanYadong (BerriesResearchInstitute,HeilongjiangAcademyofAgriculturalSciences,SuilingHeilongjiang152204) Abstract: Theaimsaretoanalyzethegeneticevolutionrelationshipofraspberrypopulations,anddevelop specificSNPmarkers. 23 raspberryvarietiesweresequencedbySpecificLengthAmplificationFragment Sequencing(SLAF-seq)technology.TheSNPsitewasdevelopedfromthewholegenomeofraspberry.The genomeofblackraspberrywasusedasthereferencegenome.Theelectronenzymecuttingpredictionwas conductedbybio-informaticsanalysis,thespecificlengthDNAfragmentswerescreenedandtheSLAF-seq librarywasconstructed.Masssequencetagswereobtainedbyhigh-throughputsequencing,andpolymorphic SLAFtagswereobtainedbysoftwareanalysisandcomparison,andthenalargenumberofspecificSNPloci weredeveloped.Comparedwiththesequencingdataofriceandthecomparisonresultsofthereference genome,theresultsshowedthatthepaired-endcomparisonratewas95.60%,enzymedigestionefficiencywas 93.52%