用meg身a构建进化树.docVIP

如何用MEGA构建进化树 MEGA3.1是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，其中包括有距离建树法和MP建树法；可自动或手动进行序列比对，推断进化树，估算分子进化率，进行进化假设测验，还能联机的Web数据库检索。下载后可直接使用，主要包括几个方面的功能软件：i)DNA和蛋白质序列数据的分析软件。ii)序列数据转变成距离数据后，对距离数据分析的软件。 iii)对基因频率和连续的元素分析的软件。iv)把序列的每个碱基/氨基酸独立看待（碱基/氨基酸只有0和1的状态）时，对序列进行分析的软件。v)绘制和修改进化树的软件，进行网上blast搜索。 用MEGA构建进化树有以下步骤： 1. 16S rDNA测序和参考序列选取 从环境中分离到单克隆，去重复后扩增16S rDNA序列并测序，然后与数据库 HYPERLINK /blast/Blast.cgi /blast/Blast.cgi比对，找到与之同源性较高的序列作为参考序列，以FSATA形式整合在TXT文档中，如 TS1 GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCGGAT TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT giemb|AJ809498.1| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMW 2.383 GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC…………………………. …………………………. 参考序列选择有几个原则：a，不选非培养(unclutured)微生物为参比；b，所选参考序列要正确，里面无错误碱基；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。 2. 序列比对 将整理好的序列导入clustalx1.83，如图 接着 程序自动运行，得出结果，自动输出 .aln 和 .dnd 为后缀的两个文件。 序列比对也可以直接用MEGA来做。 3. 打开程序MEGA，如下图所示： 4. MEGA3.1只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，用.aln格式（Clustal的输出文件）转换.meg文件。点File:Convert to MEGA Format，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的.aln文件，点击打开。 5. 转换好的meg文件，会弹出一个提示信息，点击ok。 查看meg序列文件最后是否正常，若存在clustal. *行，即可删除。点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录。 6. 关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件。 如果为蛋白质序列，选择“protein sequence”，电击“OK”，得到以下图示，数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型。 而在另外一个窗口内，出现以