我国20022016年间鸡传染性支气管炎病毒基因组序列重组.PDF

微生物学通报 Dec. 20, 2017, 44(12): 2942−2950 Microbiology China /wswxtbcn tongbao@ DOI: 10.13344/j.microbiol.china.170488 研究报告 我国2002−2016 年间鸡传染性支气管炎病毒基因组 序列重组分析 周海生 张美红 田雪 武奇 邵红霞 钱琨 叶建强 秦爱建* ( 225009) 摘 要：【目的】传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus ，IBV)主要引起鸡群呼吸道与肾 脏疾病，是影响养禽业重要的病毒性病原之一。了解我国IBV 的流行及基因重组情况。【方法】 收集GenBank 中我国2002−2016 年间分离的92 株IBV S1 基因及55 株IBV 基因组序列，并对 这些序列进行比对分析。【结果】IBV S1 基因序列分析结果表明，2002−2016 年间我国流行的 92 株 IBV 可以分为 13 个基因型，包括QX 、4/91 、Mass 、tl/CH/LDT3/03 、CK/CH/LSC/99I 、 TW-I 、TW-II 、TC07-2 、Ck/CH/LDL/97I 、N1/62-associated 、Arkansas 、New-I 及一个新鉴定的 基因分支New-II 。值得注意的是，属于美国相关基因分支的ck/CH/LSD/110712 已在我国出现。 RDP4 方法进行重组分析显示，新出现的基因分支New-II 病毒 S1 基因来源于 tl/CH/LDT3/03 型与QX 型毒株重组，我国2002−2016 年间流行的55 株 IBV 中有52 株 IBV 基因组存在重组 事件，其中25 个IBV 分离株基因组中发现有疫苗型(Mass ，tl/CH/LDT3/03 及4/91 型等)病毒基 因组片段的重组，这一结果在SimPlot 分析中进一步得到确认。【结论】根据生物信息学分析结 果，证明流行于我国的IBV 基因型众多，疫苗毒株基因频繁参与了 IBV 基因重组，导致 IBV 新的基因型或变异株出现，提示在防控IB 时要注意合理使用IBV 疫苗。 关键词：传染性支气管炎病毒，基因型，基因组，重组，疫苗 Foundation item: National Basic Research Priorities Program of China (No. 2013FY113300-4); National Key Research and Development Program of China (No. 2016YFD0500803); The Priority Academic Program Development of Jiangsu Province Higher Education Institutions; Jiangsu Province Co-innovation Center for Prevention and Control of Important Animal Infectious Diseases and Zoonoses *Corresponding author: Tel: 86-514 E-mail: aijian@ Received: July 04, 2017; Accepted: August 30, 2017; Published online () : August 30, 2017 基金项目：(No. 2013FY113300-4) (No. 2016YFD0500803)