介观耗散粒子动力学模拟程序并行化与性能优化-计算机应用技术专业论文.docxVIP

摘要介观耗散粒子动力学模拟程序并行化与性能优化 摘要 介观耗散粒子动力学模拟程序并行化与性能优化 摘要 耗散粒子动力学计算(dissipative particle dynamics，DPD)是一种介 于原子尺度与介观范围内的模拟方法。该模拟方法应用范围广泛，能够有 效探讨分子的堆积与分散问题，不但可以涵盖更多的粒子体系，而且可以 研究较长时间内系统粒子的运动行为。但是串行方式的计算机模拟无法有 效应对模拟体系不断增大、体系复杂度不断增加的状况。 本文简明扼要地介绍了分子模拟与并行计算的研究背景，较为全面地 介绍了耗散粒子动力学模拟的基本理论和计算方法，重点阐述了基于空间 域分解的串行模拟程序的并行化算法，并引入了相邻单元格列表构建和重 叠划分等方法，有效解决了模拟体系中的周期性边界和作用力截断距离等 问题。最后，借助于MPI对并行算法加以实现，并在搭载有SGE(Sun Grid En西ne)的高性能集群平台上完成多种条件下的模拟测试，结果表明并行 算法不仅能够大幅缩短计算时间，而且适用于更大的模拟体系。 同时，本文介绍了润湿现象的背景知识和相关的基本理论，并引入了 传统耗散粒子动力学模拟方法的改进方法～多体耗散粒子动力学模拟 方法(many_body dissipatiVe panicle dyllamics，MDPD)，并以毛细管润湿 现象作为模拟实例，进一步说明了多体DPD模拟方法能够很好地模拟毛细 管润湿现象，并且得出空间域分解算法能够很好地应用于多体耗散粒子动 力学模拟程序，使用该方法能够获取很高的模拟效率。 关键词：耗散粒子动力学，DPD，空间域分解，MPI，SGE，MDPD 北京化工大学硕士学位论文 11 ABSTRACTPARALLELIZATIoN ABSTRACT PARALLELIZATIoN AND PERFoRMANCE oPTIMIZATIoN oF MESoSCALE DISSIP▲TIVE PARTICLE DYNAMIC S SIMULATIoN PRoGRAM ABSTRACT DissipatiVe panicle dynamics(DPD)is a simulation method used within the啪ge f而m atomistic scale to mesoscopic scale．This method is widely used because of its ef．fectiVity in dealing with problems on the accumulation and dispersing of molecules．This simulation method can be applied not only to simulation systems with much more paIrticles，but also to the study of longe卜time motion behaVior of particles in certain systems．HoweVer，the sequential simulation is not able to handle e衢cien够the sitllation that the simulation system is becoming la唱er and the systemic complexity is lncreasmg． In this paper’ the research background of molecule simulation and parallel computing is brieny introduced．And a comprehensiVe introduction of the basic theories and computing method of dissipatiVe particle dynamics is proVided．Then a parallel algonthm of the serial simulation program based on spatial domain decomposition is proposed．The algorithm is implemented using MPI and the simulation tests under Various conditions are accomplished on a high perf-omlance cluster platf．onn equipped with SGE(SUN Grid III 北京化工人学硕J：学位论文Engine)．The 北