胶质瘤恶性进展相关新基因研究-神经外科学专业论文.docxVIP

胶质瘤恶性进展相关新基因研究 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 胶质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 找出胶质瘤的致病基因，进行针对性的防治是彻底治愈这种顽疾的根本途 径。利用基因芯片技术和生物信息学手段分析基因在系统水平的调控机制，是当 前功能基因组学的重要研究手段，它明显优于过去的单一基因研究模式，可以在 整体的、基因组的水平对基因的表达调控网络机制，进行系统、全面地分析，最 后找出在这个功能调控网络中的关键基因。本文利用生物信息学技术对我们建立 的胶质瘤恶性进展相关基因表达谱和胶质瘤诱导分化相关基因表达谱作系统的 聚类分析，并对候选基因作了初步的数据库检索和RT-PCR分析验证，最后挑选 具有潜在应用价值的Tob基因在国内首次做基因克隆、表达载体构建和基因转染 研究，初步证实Tob基因是一新发现的胶质瘤细胞增殖抑制基因，值得进一步全 面研究其功能和进行实验性治疗研究。 第一部分生物信息学筛选胶质瘤恶性进展相关新基因 目的：本研究首先利用生物信息学技术对已经建立的胶质瘤恶性进展和诱导 分化2个胶质瘤相关基因表达谱作系统的聚类分析，并对候选基因作广泛的生物 信息学数据库检索，目的在于筛选与肿瘤恶性进展相关的新基因，为进一步克隆 其全长、研究其功能提供依据。方法： 首先对基因表达谱做聚类分析，在数据 分析时我们取双点之间的变异系数O．33的数据进行分析，以便尽量减少实验误 差。又取2组比值差异均在2倍以上、双点之间变异系数0．33的基因，据此从 2个基因表达谱数据中分别筛选出368和115个基因做聚类分析。分别从2个表 达谱中得到17和ll条基因，进一步做生物信息学数据库的检索，去分析它们对 应的结构和功能。结果：从恶性进展表达谱中得到17条可能是在胶质瘤中有重 要调控作用的基因，生物信息学分析可把它们分成两大类基因。第一类是从WHO II级、WHO III级、WHO IV级胶质瘤中表达逐步升高，有11条；另一大类则 相反，是表达逐步递减的，有6条。从诱导分化表达谱中对差异2倍以上的115 个基因作聚类分析，得到6大类不同表达模式的基因类别；进一步生物信息学分 基金项目：国家自然科学基金项目(编号 腔质瘤恶性进展相关新基因研究 腔质瘤恶性进展相关新基因研究 中文摘要 析表明，其中有1l条基因的功能信息与诱导分化关系密切，可能是这一过程的 关键基因。结论：生物信息学是分析基因表达谱的有力工具，可以很好的从表达 谱数据提取出与胶质瘤恶性进展和诱导分化相关的关键基因，本文利用这一先进 工具筛选出了28条可能是胶质瘤恶性进展过程中的关键基因供进一步研究。 第二部分半定量RT-PCR验证胶质瘤相关新基因的表达 利用基因芯片和生物信息学手段从大量的基因中筛选肿瘤发生发展过程中 重要的新调控基因，是目前肿瘤功能基因组研究的一个重要研究方向。但是小样 本量的检测有时会出现一些假阳性和假阴性结果，因此很有必要抽取部分样本和 基因进行验证。本文利用半定量RT-PCR检测了上文中筛选出来的28条基因中 的7条基因在胶质瘤组织中的表达’情况，目的：一方面验证以前的基因芯片数据 的可靠性；另一方面通过对基因表达水平的半定量，进行横向的对比，希望能够 找出这些基因在不同级别胶质瘤中的表达规律，为进一步的功能研究提供依据。 方法：按照7条基因的GenBank登录号，检索GenBank得到这些基因的全长cDNA 序列，然后设计相应的PCR引物，针对22例恶性胶质瘤病人的肿瘤组织作检测， 22例胶质瘤按照WHO分级其中I级3例，II级8例，III级7例，IV级4例， 最后利用SmartView电泳图像分析软件对各个基因在不同组织中的表达进行半 定量。结果： 这些基因在这些肿瘤中的表达差异是有规律性的，和以前的基因 芯片结果基本一致。如X54304(肌球蛋白轻链)、A1264216(胆碱转运因子2) 都是随着恶性程度的进展而表达升高，而NM 019896(DNA多聚酶p12亚基)、 NM 015962(CGI．35蛋自)、AB037886(NESH蛋白)、D38305(Tob蛋白)、 M87507(半胱天冬酶1，Caspasel)都是随着恶性程度的进展而表达降低。结论： 我们对于基因芯片和生物信息学技术筛选到的7条基因作半定量RT-PCR分析， 证实我们使用的基因芯片是可靠的：同时显示这些基因在胶质瘤的恶性进展过程 中都发生了规律性的改变，信息学检索提示其中有些基因可能是肿瘤