肿瘤的基因诊断与DNA芯片技术.doc

PAGE PAGE 1 肿瘤的基因诊断与DNA芯片技术 　　广州铁路中心医院检验科陈斯泽 肿瘤的形成是遗传因素与环境因素相互作用的结果，随着分子生物学的迅速发展，人们对肿瘤的认识已经发展到基因水平，发现了许多肿瘤相关基因，并从基因水平对癌症进行诊断，也可以通过检测与癌变有关的基因标记物来判定组织学的良恶性程度，或者检测癌症的进展、恶性化程度以及抗癌药的耐药性等。检测这些基因序列或表达情况的改变，将有利于肿瘤的早期发现和早期治疗，提高生存率，并日益成为临床医生诊断肿瘤分型、提供治疗方案、分析预后的一种重要的辅助手段。 基因诊断是属于全新内容、全新技术和全新概念的实验室诊断方法，该方法直接探查基因的存在状态及功能，即基因型的改变，可对疾病作出可靠的诊断，又称DNA诊断。基因诊断技术技术主要包括核酸分子杂交、聚合酶链式反应（PCR）、限制酶酶谱分析、单链构象多态性分析以及DNA序列测定、差异显示等技术。上述技术与芯片技术相结合，可用于肿瘤易感基因的检测，肿瘤的分类，肿瘤的早期诊断、预后诊断、预后监测，并为肿瘤个体化和预见性治疗提供依据。 DNA芯片技术概述 新兴的基因芯片技术在疾病的诊断方面发挥了重要作用，它与传统杂交法相比，具有操作简单、自动化程度高、检测靶分子种类多、成本低、效率高、结果客观性强等突出优点。基因芯片检测基因突变，快速高效。从正常人基因组分离出DNA与基因芯片杂交，得标准图谱，从患者基因组中分离DNA与芯片杂交得病变图谱，比较分析两种图谱，即可得出病变的DNA信息。 DNA芯片技术是一种大规模集成的固相杂交，即在固相支持物上原位合成寡核苷酸或直接讲多种预先制备DNA探针以显微打印的方式有序地固化于支持物表面，然后与标记的样品杂交。通过对杂交信号的检测分析，得出样品的遗传信息（基因序列及表达的信息）。由于常用计算机硅芯片作为固相支持物，所以称为DNA芯片。根据芯片的制备方式又将其分为两大类：原位合成芯片和DNA微阵列（DNAmicroarray）。芯片上固定的探针除了DNA，也可以是cDNA、寡核苷酸或来自基因组的基因片段，且这些探针固化于芯片上形成基因探针阵列。因此，DNA芯片又被称为基因芯片、cDNA芯片、寡核苷酸阵列等。 作为新一代基因诊断技术，DNA芯片的突出特点在于快速、高效、敏感、经济、平行化、自动化等。与传统基因诊断相比，DNA芯片技术具有明显的优势：（1）基因诊断的速度显著加快，一般可于30min内完成。若采用控制电场的方式，杂交时间可缩至1min甚至数秒钟。（2）检测效率高，每次可同时检测成百上千个基因序列，使检测过程平行化。（3）基因诊断成本降低。（4）芯片的自动化程度显著提高，通过显微加工技术，将核酸样品的分离、扩增、标记及杂交检测等过程微型化于同一块芯片内部，构建成缩微芯片实验室。（5）由于是全封闭，避免了交叉感染，且通过控制分子杂交的严谨度，使基因诊断的假阳性率、假阴性率显著降低。 DNA芯片技术在肿瘤基因诊断中的应用 肿瘤的早期诊断肿瘤的形成是遗传因素与环境因素相互作用的结果，肿瘤的发生、发展及逆转都伴随肿瘤相关基因和肿瘤细胞基因表达谱的改变。现有的DNA芯片技术着眼于以下几个方面进行肿瘤的早期诊断。 1、癌基因与抑癌基因 与肿瘤相关的基因包括癌基因、抑癌基因及DNA错配修复基因等。当癌基因、抑癌基因发生突变时，癌基因活化，抑癌基因失活，以及其他基因异常不断积累，导致肿瘤发生发展。因此，检测癌基因、抑癌基因中发生的基因突变有利于肿瘤的早期诊断。 BRACA1基因与人类遗传性乳腺癌和卵巢癌密切相关，该基因最常见的突变包括点突变，小范围的插入与缺失等。1998年Hacia等用芯片检测了乳腺癌和卵巢癌基因BRCA1等11外显子，全长3.45kb的突变体，检测的15例病人中，准确率高达99%。阎小君等的研究表明Hp基因芯片技术很可能会成为胃肿瘤诊断的权威方法和金标准。 抑癌基因p53是在人类恶性肿瘤中最常见的突变基因，约有60%与人类p53抑癌基因的突变有关。Affymetrix公司已把p53基因的全长序列和已知突变的探针集成在芯片上，该芯片可检测p53基因所有编码区错意突变和单碱基缺失突变，它将在癌症的早期诊断中发挥重要作用。 2、肿瘤相关基因表达谱 某些肿瘤的发生，并非基因结构发生了改变，只是基因表达与调控水平上出现了变化。因此，在RNA水平上对致病基因表达情况进行监测，是肿瘤基因诊断的另一种方式。DNA芯片技术可以平行检测大量mRNA的种类及丰度，从而在RNA诊断上有很大的优势。恶性肿瘤的发生、发展及实验转归都伴有复杂的基因表达谱变化。DNA微阵列技术为研究这些复杂现象提供了强有力的工具。 利用肿瘤细胞的基因表达与正常细胞存在明显差别，Wang等利用含有5766个cDNA的芯片