应用cDNA微阵列对骨髓增生异常综合征骨髓单个核.doc

PAGE PAGE 1 应用cDNA微阵列对骨髓增生异常综合征骨髓单个核 钱军陈子兴岑建农王玮 作者单位：215006苏州，苏州大学附属第一医院江苏省血液研究所（钱军，现就职于江苏大学附属人民医院） 【摘要】目的应用cDNA微阵列初步研究骨髓增生异常综合征（MDS）的基因表达谱。方法将2例患者骨髓单个核细胞RNA各取等量混合后进行逆转录Cy5标记，与Cy3标记的正常对照cDNA混合，与H141微阵列杂交、扫描、软件分析。结果H141s芯片中共点样13484个基因克隆，其中1064个靶克隆是由针对同一基因内不同序列的cDNA片段重复点样至少2次。重复点样检测结果在2张芯片内各自完全一致的分别为625个（58.7％）和630个（59.2％），而在结果完全相反的cDNA片段分别有21个（2.0％）和11个（1.0％）。1064个靶克隆中重复点样数据完整且分别在2张芯片内结果一致的共有411个，其中在2张芯片间结果也完全一致的共有400个（97.3％）。2张芯片中MDS与正常对照比较存在差异表达的靶基因克隆分别为1549和1311个，而2张芯片间表达差异一致的靶基因克隆为409个，其中101个基因参与造血调控，主要涉及转录因子、细胞周期调节蛋白、代谢相关基因、表面黏附分子等。结论重复克隆点样实验可降低微阵列操作过程引起的表达偏差。cDNA微阵列可高效提供基因表达信息，并为深入研究MDS的发病分子机制提供线索。 【关键词】骨髓增生异常综合征；cDNA微阵列；基因表达谱 PreliminarystudyonthegeneexpressionprofilesofmononuclearcellsfrommyelodysplasticbonemarrowbyusingcDNAmicroarray QIANJun,CHENZixing,CENJiannong,WANGWei.LeukemiaResearchUnit,TheFirstAffiliatedHospital,SoochowUniversity,JiangsuInstituteofHematology,Suzhou215006,China 【Abstract】ObjectiveTostudythegeneexpressionprofilesofmononuclearcellsfrommyelodysplasticbonemarrowbyusingcDNAmicroarray.MethodsTotalRNAsofequalquantityfrommononuclearcellsinbonemarrowsof2caseofmyelodysplasticsyndrome(MDS)wereblended,reverselytranscribedtocDNAandlabeledwithCy5.Cy5-labeledcDNAandCy3-labeledcDNAfromnormalbonemarrowcellswerehybridizedtoH141microarrayinduplicate.Analysiswasperformedonthescanningdata.ResultsTherewere13484clonesinH141chips,inwhich1064cDNAswerespottedatleasttwicetargetingdifferentfragmentsofasinglegene.Amongthese1064genes,theexpressionlevelof625(58.7％)and630(59.2％)cloneswasconsistentwithintworespectivechips,297(27.9％)and191(18.0％)inconsistent,21(2.0％)and11(1.0％)opposite.Among411duplicatelyspottedcDNAswithcompletedata,expressionlevelsof409(97.3%)wereconsistentbetweentwochips.101genesinvolveinhematopoiesisregulation,includingtranscriptionfactors,cellcycle-regulatingproteins,metabolism-relatinggenes,andadhesivemolecules.ConclusionReplicationcanreducethedatabiascausedbyexperimentaloperation.cDNAmicroarrayanalysisishighlyeffectiveforprofilinggeneexpre