生物信息学札记-浙江大学.PDF

|| 生物信息学札记 樊龙江 浙江大学生物信息学研究所/作物科学研究所 Bioinplant 实验室（Bioinplant Lab），华家池校区，杭州 310029 fanlj@ 2001 年 6 月 ||这份材料是我学习和讲授《生物信息学》课程时的备课笔记，材料大多是根据 当时收集的一些外文资料翻译编辑而成。学生在学习过程中经常要求我给他们提 供一些中文的讲义或材料，这促使我把我的这份笔记整理并放到网上，供大家参 考。要提醒使用者的是，这份材料仅是根据我对生物信息学的一些浮浅的认识整 理而成，其中的错误和偏颇只能请读者自鉴了。 本材料可通过Bioinplant Lab网址获得： /cab/xueyuanxiashubumen/nx/bioinplant.htm 《生物信息学札记》目录 第一章 生物信息学通论 ……………………………… (1) 第一节 生物信息与生物信息学 一、 迅速膨胀的生物信息 二、 生物信息学的概念 第二节 生物信息学发展简史 第三节 基因组时代：生物信息学的应用与展望 第二章 分子数据库 ……………………………….(10) 第一节 初级数据库 一、 DNA 数据库 二、 基因组数据库 三、 蛋白质序列数据库 四、 蛋白质结构数据库 第二节 初级序列数据的注释 第三节 数据库信息检索系统 第四节 数据库的冗余与偏误 第五节 向数据库发送序列数据及其它 第三章 序列分析与比较 ……………………………….(24) 第一节 序列组成和单一序列分析 一、 碱基组成 二、 碱基相邻频率 三、 同向重复序列分析 四、 DNA 序列的几何学分析——Z 曲线 第二节 序列联配 一、 Needleman-Wunsch 算法 二、 Smith-Waterman 算法 三、 Karlin-Altchul 统计方法 1、二进制值（Bit Score）或标准比值；2、P值（P-value）； 3、BLAST 和 FASTA 的数据库搜索策略；4、空位列线 （gapped alignment）的统计问题；5、边际效应 （edge effect ）；6、替