种基于折叠模式识别的蛋白质结构片段库构建方法.PDFVIP

小 型 微 型 计 算 机 系 统 2013年2月 第 2期 JournalofChineseComputerSystems Vo1．34 NO．2 2013 一 种基于折叠模式识别的蛋 白质结构片段库构建方法 陈沙沙 ，吴宏杰 ，吕 强 ， (苏州大学 计算机科学与技术学院，江苏 苏州 215006) (江苏省计算机信息处理技术重点实验室，江苏 苏州 215006) (苏州科技学院 电子与信息工程学院，江苏 苏州215009) E—mail：qiang@ suda．edu．cn 摘 要 ：片段组装方法是从头预测蛋白质三维结构的一类重要方法．现有的基于序列相似的片段库质量限制 了低 同源 目标的 预测精度，所以寻找与天然结构更加拟合的已知蛋白质结构片段来构建高质量的片段库是片段组装方法的一项重要任务．本文 利用SCOP数据库中的三维结构相似性，对SCOP的折叠模式进行预测，提取预测 出的相同折叠模式的已知蛋白质结构的信 息，生成保存残基信息的数据库 (Vail库)．然后将 目标蛋白质序列分割成的残基片段与Vail库进行综合评价后生成一种新的 片段库，该片段库可以用于一个骨架预测并行蚁群算法．将本文方法与蛋白质结构预测程序RosettaAbinitio的基于序列的片段 库进行了比较，实验结果表明采用本文方法的片段库可以找到更接近天然构象的蛋 白质结构． 关键 词：蛋白质折叠模式 ；片段库；SCOP 中图分类号：TP311 文献标识码：A 文 章 编 号：1000—1220(2013)02-0356-04 BuildingFragmentLibraryBasedonFoldRecognitionforProteinStructurePrediction CHENSha—sha，wUHong-jie’’，LVQiang ‘ (SchoolofComputerScienceandTechnology。SoochowUniversity，Suzhou215006，China) (JinagsuProvincialKeyLabforInformationProcessingTechnologies，Suzhou215006。China) (SchoolofElectronicnadInformationEngineerign。SuzhouUniversityofSciencenadTechnology，Suzhou215009。China) Abstract：Fragmentassemblymethodisanimportnatapproachforabinitiopredictionofhtethree—dimensionalstructureofproteins． 111ecurrentmehtodofrbuildingfragmentlibrary，whichisstronglybasedonsequencesimilarity。lowersthepredictionaccuracyofr thoseremotehomologoustargets．Itisna impo rtanttasktofindhtefragmentswithhigh structuralsimi laritytohtenadveproteinstruc— turesforbuildinghigh—qualityfragmentlibraries．W etakeadvnatageofstructuralsimilaritydefinedinSCOPdatabaseandpredicthte SCOPfoldforhtepredictingtarget．Thestructureinformationexrtactedrfom theproteinswhosestrucutresraereleasednadSCOPfold ishtesanlewihthtepredictingtargetCna becombinedintoadatabaseofresiduerfagments(Vaildatabase)．Anewrfagmentlibrary isproducedbasedonacomprehensiveevaluationbetweenhteresiduerfagmentsofhtetragetproteinn