R软件介绍课件.pptVIP

三 多维数组和矩阵 精品 1、数组和矩阵 dim()和 matrix() x - 1:12 dim(x) - c(3,4);x [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 4 7 10 [2,] 2 5 8 11 [3,] 3 6 9 12 matrix.x - matrix(1:12,nrow=3,byrow=T) 行或列添加名称： s();s() 行数目 精品 2、数组的运算 +, -, *, /, ^ 运算后给出数值结果 精品 2、数组的运算 求矩阵的维数 精品 3、矩阵的运算 精品 3、矩阵的运算 例题 精品 四 列表与数据框 精品 1、列表与数据框 物种数 科数 属数 海拔 坡度 类型 样方1 40 15 22 600 25 山顶 样方2 51 12 26 350 30 山坡 样方3 46 11 20 390 45 山坡 样方4 38 12 24 260 20 低地 样方5 49 10 25 220 33 低地 行名Row names 字符串 列名 Column names 每列可看做带名称的向量 表1 数据表、数据框与向量 字符串、因素 每行作为一个观测 精品 2、列表（list）的创建 列表可以是不同类型甚至不同长度的向量(数值型，逻辑型，字符型等等)、数据框甚至是列表的组合。 list() 例如 list(character,numeric,logical,matrix) 精品 3、数据框（data.frame）的创建 data.frame() #生成数据框 d - data.frame(character,numeric,logical) cbind() # 按列组合成数据框 c.data-cbind(character,numeric,logical) rbind() # 按行组合成数据框 精品 一 R 软 件 简 介 精品 R语言的由来 R语言是从S语言演变而来的。 S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。 基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。 1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka，编写了一种能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言。 精品 R软件简介 R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。 R可在多种操作系统下运行，如Windows、Linux和UNIX等。 R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。 目前在R网站上约有两千多个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。 精品 下载和安装R The Comprehensive R Archive Network 简称CRAN，提供下载安装程序和相应软件包。 R主页 / 精品 R登陆界面(Windows版) 菜单栏 快捷按钮 控制台 命令行 精品 R Gui 的菜单介绍 精品 R程序包 为什么要安装程序包？ 特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。 例如：系统发育分析，往往要用到ape程序包，群落生态学vegan包等等。 程序包是什么？ R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。 Window下的R程序包是已经编译好的zip包。 每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。 精品 常用R程序包 base- R 基础功能包 stats- R统计学包 nlme- 线性及非线性混合效应模型 Graphics- 绘图 lattice- 栅格图 ape- 系统发育与进化分析 apTreeshape- 进化树分析 seqinr- DNA序列分析 ade4- 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 精品 常用R程序包 cluster- 聚类分析 ecodist- 生态学数据相异性分析 mefa- 生态学和生物地理学多元数据处理 mgcv- 广义加性模型相关 mvpart- 多变量分解 nlme- 线性及非线性混合效应模型 ouch- 系统发育比较 BiodiversityR - 基于Rcmdr的生物