2016高通量测序分析1株H7N9流感病毒的全基因-中国动物卫生与流行.PDF

国锄物耗瘦 高通量测序分析 1株H7N9流感病毒的全基因 王楷宸，邱 源，庄青叶，张笑春，王 通，陈继明 (中国动物卫生与流行病学中心，山东青岛 266032) 摘 要：为探索利用高通量测序开展 H7N9亚型流感的监测、全基因分析和溯源研究的方法，使用IonTorrent PGM测序仪对 1株H7N9流感病毒进行了全基因测序，分析了此毒株的基因组特性和进化特征。结果显示，该 毒株与2013年引起我国华东地区疫情的H7N9流感毒株的亲缘关系较近；纵观在不同年代和地点分离的H7N9 流感病毒的6个内部基因，2013年疫情之前和之后的H7N9流感病毒存在明显差异。 关键词：H7N9流感病毒；高通量测序；基因组；分子演化 中图分类号：$855-3 文献标识码：B 文章编号：1005-944X (2016)04·0072—05 D0I：10．3969／j．issn．1005·944X．2016．04．024 GenomeAnalysisofaH7N9InfluenzaVirusbyHigh-throughputSequencing WangKaicheng，QiuYuan，ZhuangQingye，ZhangXiaochun，WangTong，ChenJiming (ChinaAnimalHealthandEpidemiologyCemer，Qingdao，Shandong266032) Abstract：Todiscusstheserveillance，genomeanalysisandsourcetracingofH7N9influenzavirusgenomebyhigh— throughputsequencing，htegenomeofaH7N9infl uenzaviruswassequencedbyIonTorrentPGM．Thecharacteristics ofgenomeandevolutionwereanal~rzed．TheresultsshowedthattheviruswassimilartothosevirusescausinghteH7N9 influenzaoutbreaksofeasternChinain2013．Comprehensiveanalysiswiththe6internalgenesofH7N9influenzavirus isolatedfrom differentareasandtimeshowedthathteH7N9influenzavirusesisolatedaftertlleoutbreaksin2013were verydifferentrfom thosevirusesisolatedbefore． Keywords：H7N9influenzavirus；hi -throughput sequencing：genome；molecularevolution H7N9流感病毒属于正粘病毒科、甲型流感病 直接感染人类的禽流感病毒有H5N1、H9N2 、 H7N2t H7N3t H7N7[、H7N9[1 H5N2t” 毒属 。与其他 甲型流感病毒一样，H7N9流感病毒 、 、 、 、 为有包膜、分节段、单负链RNA病毒，基因组包括 H10N7~ 和H10N8t¨等。 8个片段。根据HA和NA抗原性的差异，甲型流 自2013年2月 l9日开始，我国东南部的上 感病毒可分为若干亚型，迄今己发现 18种HA亚型 海、安徽等地陆续发现由甲型H7N9流感病毒引起 (H1-H18)和 11种NA亚型 (N1~N11)[1-3]o任何 的人感染病例。全基因系统进化分析表明，此次引 一 对 HA和NA均可组合成一个亚型，如H1N1、 起人类感染的H7N9流感病毒