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DNA甲基化与肿瘤.ppt 68页

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DNA甲基化检测技术与应用 北京大学临床肿瘤学院病因室 刘兆君 liuzhaojun@bjmu.edu.cn 主要内容 表观遗传学概述 DNA甲基化与肿瘤 DNA甲基化检测技术的原理 DNA甲基化检测技术的应用 Why your DNA is not your destiny? What is Epigenetics ? The genome contains information in two forms, genetics and epigenetics. The genetics provides the Blueprint for the manufacture of all the proteins necessary to create a living thing, while the Epigenetic information provides instructions on how, where, and when the genetic information should be used. ----Keith D. Robertson, Oncogene 20: 3139-3155, 2001 What is Epigenetics ? 基因组DNA序列没有发生改变的情况下,基因功能发生了可遗传的变化,并最终导致了表型的变化。 5‘-Methylcytosine Methylation of CpG in DNA In mammalian cells, methylation occurs only when Cytosine is followed by a Guanine; 1/16 in CpG islands and microbe genome; The CG frequency is much lower than that of expected rate (1% < 6%). Deamiation of 5‘-Methylcytosine CpG islands CG rich is observed in promoter region. We call the CG-rich fragment as “CpG island”. What is the standard for judging a CpG island? 1. >200 bp 2. C+G/C+G+A+T > 50% 3. Observed CG/Expected CG > 60% By Gardiner-Garden & Frommer, 1987 CpG Island in DARPP What’s the consequence of DNA methylation? 哪些CpG岛甲基化调节基因表达? 基因5`端(启动子及其邻近序列) CpG岛甲基化状态影响基因表达; DNA甲基化和肿瘤 肿瘤DNA甲基化的基本特征 全基因组低甲基化; 个别CpG岛高甲基化; 肿瘤类别特异性; 对DNA损伤的早期适应性反应; 持续发生在癌变的启动、促进和 进展阶段。 DNA甲基化的应用特点 与序列变异相比: 一样重要 更易检测--CpG岛甲基化:是或否; DNA结构变异:无数种; 与mRNA和蛋白质相比: 检测灵敏--可反映个别细胞的变化; 稳定性高--石蜡组织标本的资源优势 可逆性:新治疗靶点 DNA甲基化检测技术 5‘-Methylcytosine 产生碱基的差别 Methods to detect DNA CpG methylation To screen the genome ? restriction landmark genome scanning (RLGS), ? array hybridization (differential methylation hybridization, DMH), ? bisulfite based oligo microarray, ? mass spectrometry, To analyze a given CpG island ? Southern blot, ? Bisulfite-PCR based: Sequencing,

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