BIO-RAD脉冲场电泳介绍.pptVIP

* 衡量一台多重定量PCR仪光学系统的标准是特异性激发、特异性检测，以及无边缘效应。 * 衡量一台多重定量PCR仪光学系统的标准是特异性激发、特异性检测，以及无边缘效应。 * * * * * * 衡量一台多重定量PCR仪光学系统的标准是特异性激发、特异性检测，以及无边缘效应。 * 衡量一台多重定量PCR仪光学系统的标准是特异性激发、特异性检测，以及无边缘效应。 * * * * 脉冲场电泳（PFGE）的应用——分子分型 一、PFGE在分子分型方面的应用　 通过微生物分型可以鉴定菌株是否一致、比较它们的亲缘关系,对于细菌性传染病的监测、传染源追踪、传播途径的调查和识别有着非常重要的意义。 传统的微生物分型技术主要是基于表型特性分类,如生化分型(biotyping)、血清学分型(serotyping)、耐药谱测定(antmi icrobial susceptibility testing)、噬菌体分型(bacterialphage typing)等。由于微生物易受环境的影响,很容易改变其表达性状,使得表型分类很不准确。 近年来随着分子生物学技术的发展,基因分型技术日渐受到青睐。现代的分子分型技术主要有:①基于限制性内切酶的分型技术:PFGE分型和RFLP分型;②基于PCR的分型技术:RAPD分型、Rep-PCR分型、AFLP分型;③基于核苷酸序列分析的分型技术:SLST分型和MLST分型。 微生物表型分型与分子分型的方法对比 项目 表型分型 分子分型 方法依据 表型特征 遗传特征 方法举例 生物分型、血清分型、噬菌体分型、耐药性分析 质粒分型、PFGE、核糖体分型、基于PCR方法、基于测序方法（MLST、VNTR、MLVA） 优点 成熟可靠的数据库，作为初级分型仍在常规使用 高分辨率，可重复性，易于标准化及自动化 缺点 低分辨率、不可重复，并不适用于所有病原体 缺少病原体历史数据、成本高 1.表型和分子分型各有优缺点；对于罕见血清型菌株，表型可发挥重要作用 2.分子分型的方法各有优缺点，各有适用性，联合使用是主流 3.实验方法和结果的质量保证是任何分析网络的最关键部分 PFGE分型技术因其重复性好、分辩力强被誉为细菌分子分型技术的“金标准”,并推荐作为金黄色葡萄球菌等病原微生物分型的标准技术。 PFGE分型技术的不足是:耗时,需要2~4 d的样品制备时间;设备价格昂贵；对分析大小相似的片段分辨力不是很高。 目前,美国PulseNet已创建病原菌PFGE图谱数据库,通过与数据库中病原菌PFGE图谱的比较,可以判断菌株间染色体DNA的相似程度。 脉冲场电泳（PFGE）的应用——分子分型 脉冲场电泳（PFGE）的应用——分子分型 Tenover等提出了有关PFGE图谱与测定菌株相关性的判别标准,根据电泳条带可分为:如PFGE图谱一致,说明为相同菌株;有1~3条带的差异说明菌株间有相近关系,且只有单基因的改变;4~6条带的差异说明菌株间可能有相近关系,表示出有2个独立基因的差异;如菌株间有6条或更多条带差异,说明有3个或更多的基因差异,视为无相关性。 该标准有一定的局限性。因为细菌的高变异性,判断是否是同一菌株时允许一定的变异存在。Fred在解释PFGE图谱时提出85%以上条带相同的为相同菌株,50%以上条带不相同的为不同菌株。 脉冲场电泳（PFGE）的应用——分子分型 PulseNet 大肠杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、李斯特菌、弯曲杆菌 PulseNet PulseNet PulseNet PulseNet 加强公共卫生实验室和流行病学合作（1） 建立参比实验室和流行病学之间的常规和快速信息共享 如每周例会 通过实验室支持针对暴发的流行病学调查 检测流行病学调查假设的样本 来自病人的样本 高度怀疑的致病源，如食物、水 病原体分子分型 共同讨论，确定较好的分型方法 血清分型 抗生素耐药性分析 分子分型，如脉冲场凝胶电泳（PFGE） 建立实验室质量控制体系 如外部质量控制系统（EQAS） 引入区域或WHO全球性的监测网络，如全球食源性疾病监测网络 Regional centers 区域中心 EQAS of WHO’s GFN Country data bank 国家数据库 Electronic list serve 电子目录服务器 增强公共卫生实验室和流行病学合作（2） 基因组文库是将细胞的核DNA酶切或随机打断成一定大小的片段，然后将全部片段随机地连接到各种基因载体上，再转移至适当的宿主细胞中，通过宿主细胞的大量繁殖而形成的各个片段的无性繁殖系的总集。大片段基因组文库包括噬菌体、YAC、BAC、Cosmid和Fos