生物芯片DNA杂交动力学的模拟——一种新的生化辅助分析手段.pdfVIP

南京理工大学硕士论文 生物芯片DNA杂交动力学的模拟 — 一种新的生化辅助分析手段 化学的方法来处理固相基质，如玻璃片或硅片，然后使DNA片段或蛋白质分子 按特定的顺序排列在片基上。生物样品的制备和处理是基因芯片技术的第二个重 要环节。生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般 不能直接与芯片进行反应，而要将样品进行特定的生物处理，获取其中的蛋白质 或DNA、RNA等信息分子并加以标记，以提高检测的灵敏度。第三步是生物分 子与芯片进行反应。芯片上生物分子之间的反应是芯片检测关键的一步。通过选 择合适的反应条件使生物分子间反应处于最佳状况，减少生物分子之间的错配比 率，从而获取最能反映生物本质的信号。基因芯片技术的最后一步就是芯片信号 检测分析。目前最常用的芯片信号检测方法是将芯片置入芯片扫描仪中，通过采 集各反应点的荧光强弱和荧光位置，经相关软件分析图像，即可以获得有关生物 信息。 2()蛋白质芯片 蛋白质芯片印roteinchip，protenimirocrray)与基因芯片的原理相似。不同之 处有:芯片上固定的分子是蛋白质，如抗体或抗原;检测的原理是依据蛋白质分 子之间、蛋白质与核酸、蛋白质与其他分子的相互作用。蛋白质芯片技术出现较 晚，尚处于发展初期，但是发展很快。 由于蛋白质在生命活动中是重要的功能性生物大分子，而且随着后基因组时 代的到来以及蛋白质组学研究的深入开展，可以预料蛋白质芯片将成为生物芯片 技术研究和开发的重点和核心，有望成为生物芯片技术的主流领域4]1。 3()芯片实验室 芯片实验室l(b-aon-a州ch加)，是指把生物和化学等领域中所涉及的样品制备、 生物与化学反应、分离检测等基本操作单位集成或基本集成一块几平方厘米的芯 片上，用以完成不同的生物或化学反应过程，并对其产物进行分析的一种技术。 也可以称为微全分析系统 (M而以uridez Toatl人刀alysisystsne.l 林一ATs).它是通过 分析化学、微机电加工、计算机、电子学、材料科学与生物学、医学和工程学等 交叉来实现化学分析检测即实现从试样处理到检测的整体微型化、自动化、集成 化与便携化这一目标。 计算机芯片使计算微型化，而芯片实验室使实验室微型化，因此，在生物医 学领域它可以使珍贵的生物样品和试剂消耗降低到微升甚至纳升级，而且分析速 度成倍提高，成本成倍下降;在化学领域它可以使以前需要在一个大实验室花大 量样品、试剂和很多时间才能完成的分析和合成，将在一块小的芯片上花很少量 样品和试剂以很短的时间同时完成大量实验;在分析化学领域，它可以使以前大 的分析仪器变成平方厘米尺寸规模的分析仪，将大大节约资源和能源4]1。 南京理工大学硕士论文 生物芯片DNA杂交动力学的模拟 — 一种新的生化辅助分析手段 芯片实验室是生物芯片技术中的主流方向之一，可以认为是生物芯片技术发 展的最终目标。 LIJ生物芯片技术应用 ()lDNA测序 人类基因组计划的实施促进了更高效率的、能够自动化操作的测序方法的发 展。芯片技术中杂交测序技术和邻堆杂交技术就是一种新的高效快速测序方法。 该方法可用于含重复序列及较长序列的DNA序列测定及不用基因组同源区域的 序列L匕较1卜11]. (2)研究基因差异表达 人类基因组可在一张芯片上、一次杂交反应中观察到其在目的细胞的实际表 达状态，包括表达与否，表达丰度，而且两种相关细胞的实验可在同一张片子上 同时做出来，便于最小实验误差情况下比较二者细微差异。这样将具体的分子信 息与细胞的生理特征改变联系起来，极有可能以前所未有的速度提示生命活动过 程的精细机制，并成批地进行功能克隆新基因或将 “孤儿基因”与确定的生物学 功能联系起来;另一方面为临床诊断、预后评价提供全新的标准模式，为新药的 设计提供靶分子而且提供快速廉价的分析手段。 (3)寻找新基因 定量检测大量基因表达水平在阐述基因功能、探索疾病原因及机理、发现可 能的诊断及治疗等方面是很有价值的。实验提示在缺乏任何序列信息的条件下， 微阵列可用于基因发现和基因表达检测，这将大大地加速人类基因组的功能分析 112，13] (4)突变体和多态性的检测 可大规模地检测和分析DNA的变异及多态性。这种方法可快速、定量地获 得基因信息，快速、准确地研究大量患者样品中特定基因所有可能的杂合变异。 (5)其它